Genomická epidemiologie invazivních onemocnění působených Streptococcus pyogenes v České republice

Poskytovatel

Ministerstvo zdravotnictví

Program

Program na podporu zdravotnického aplikovaného výzkumu na léta 2024-2030

Veřejná soutěž

SMZ0202400001

Hlavní účastníci

Státní zdravotní ústav

Druh soutěže

VS - Veřejná soutěž

Číslo smlouvy

NW25-09-00190

Název projektu anglicky

Genomic epidemiology of invasive diseases caused by Streptococcus pyogenes in the Czech Republic

Anotace anglicky

The project aims to study Streptococcus pyogenes isolates causing invasive diseases in the Czech Republic (CR) using the Whole Genome Sequencing (WGS) method. Analysis of the WGS data will allow detection of S. pyogenes virulence factor genes, their variants and changes in their transcriptional regulators genes that may affect the expression of known virulence factors. Analysed WGS data will enable to trace the emergence of hypervirulent S. pyogenes sublineages. Combination of WGS data with anonymised epidemiological data will provide a detailed description of temporal and geographical spread of hypervirulent sublineages in the CR. WGS will be applied to S. pyogenes isolates obtained from patients with invasive disease. Isolates will be exclusively from normally sterile site and will be selected according to the frequency of occurrence of each emm type. The expected total number of isolates studied by the WGS method will be 300. Since 2022, the CR, as well as other countries, has recorded an increase in the number of invasive diseases caused by S. pyogenes. Currently, serious diseases caused by S. pyogenes are newly affecting children and healthy middle-aged adults on a larger scale, in contrast to the past when these diseases occurred mainly in polymorbid patients, injection drug users and homeless people. The case fatality rate for invasive diseases caused by S. pyogenes is high, ranging from 10 to 30% despite prompt treatment with antibiotics. Expected results: determination of the frequency of virulence factor genes and determination of the relatedness in S. pyogenes isolates from normally sterile site in the CR from 2015 to the end of the project and in the 1990s and their comparison with foreign isolates; reporting of WGS data to international databases; publication of the project results in journals with IF; presentation of the results at national and international conferences.

Kategorie VaV

AP - Aplikovaný výzkum

OECD FORD - hlavní obor

10606 - Microbiology

OECD FORD - vedlejší obor

30302 - Epidemiology

OECD FORD - další vedlejší obor

—

CEP - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)

EE - Mikrobiologie, virologie<br>FN - Epidemiologie, infekční nemoci a klinická imunologie

Zahájení řešení

1. 5. 2025

Ukončení řešení

31. 12. 2028

Poslední stav řešení

Z - Začínající víceletý projekt

Poslední uvolnění podpory

—

Důvěrnost údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Systémové označení dodávky dat

CEP25-MZ0-NW-R

Datum dodání záznamu

2. 4. 2025

Celkové uznané náklady

9 149 tis. Kč

Výše podpory ze státního rozpočtu

8 393 tis. Kč

Ostatní veřejné zdroje financování

756 tis. Kč

Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.

0 tis. Kč