Využití nástrojů bioinformatiky pro hodnocení sekvenčních dat pšenice a ječmene pro vývoj spolehlivých molekulárních markerů.

Poskytovatel

Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy

Program

COST

Veřejná soutěž

COST 8 (SMSM2010OC5)

Hlavní účastníci

—

Druh soutěže

VS - Veřejná soutěž

Číslo smlouvy

1081/2011-320

Název projektu anglicky

The use of bioinfomatics to retrieve sequencing data of wheat and barley polymorphic DNAs for production of reliable DNA markers

Anotace anglicky

The main objective of the project is to use and improve selected statistical and bioinformatics tools in order to produce, analyze, and integrate high-throughput genomic sequence data. This will allow understand better the biological systems in plants. Sequencing analysis is the most precise procedure that allows obtaining information on relation between the gene primary structure and corresponding phenotypic trait, which namely important in case of agricultural important crop species. We aim to employavailable data on polymoprhisms of coding sequences in wheat to develop DNA markers derived from coding sequences associated with phenotypic traits. Such markers can be used directly for marker assisted selection and can serve as genotype/cultivar characteristics. Available data are incomplete and suffer from inaccuracy. More over wheat (T. aestivum L.) has a large genome (hexaploid) with over 90% of noncoding sequenced including pseudogenes. Within the project we intend to (1) analyze available data

Kategorie VaV

ZV - Základní výzkum

CEP - hlavní obor

EB - Genetika a molekulární biologie

CEP - vedlejší obor

IN - Informatika

CEP - další vedlejší obor

GE - Šlechtění rostlin

OECD FORD - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)

10201 - Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)<br>10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>30101 - Human genetics<br>40105 - Horticulture, viticulture<br>40106 - Agronomy, plant breeding and plant protection; (Agricultural biotechnology to be 4.4)

Hodnocení poskytovatelem

V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)

Zhodnocení výsledků projektu

Projekt byl zaměřen na hodnocení, využití a aplikaci nástrojů bioinformatiky pro analýzu a využití sekvenačních a transkriptomickéch dat, molekulární markérů. Zaměřili jsme se na využit Ginni-simpsonova indexu a bayesovské probabilistiky. Byly analyzová?

Zahájení řešení

1. 5. 2010

Ukončení řešení

31. 12. 2012

Poslední stav řešení

U - Ukončený projekt

Poslední uvolnění podpory

27. 2. 2012

Důvěrnost údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Systémové označení dodávky dat

CEP13-MSM-OC-U/01:1

Datum dodání záznamu

28. 6. 2013

Celkové uznané náklady

1 590 tis. Kč

Výše podpory ze státního rozpočtu

1 500 tis. Kč

Ostatní veřejné zdroje financování

0 tis. Kč

Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.

90 tis. Kč