Výzkum repetitivní DNA rostlin pomocí bioinformatické analýzy dat z nové generace sekvenačních technologií

Poskytovatel

Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy

Program

COST

Veřejná soutěž

COST 8 (SMSM2010OC5)

Hlavní účastníci

—

Druh soutěže

VS - Veřejná soutěž

Číslo smlouvy

1081/2011-320

Název projektu anglicky

Investigation of plant repetitive DNA by bioinformatic analysis of next-generation sequencing data

Anotace anglicky

DNA sequencing is one of the basic techniques of genome investigation. However, relatively low speed and high cost of sequencing projects employing traditional, clone-based Sanger sequencing represent limiting factors for in-depth investigation of largeand complex genomes, including those of higher plants. The recent introduction of low-cost sequencing technologies based on highly parallel processing of millions of templates (next-generation sequencing) has greatly accelerated genome sequencing and made it available for investigation of a wide range of species. While these technologies generate unprecedented volumes of sequencing data, they also require new bioinformatic tools for their efficient handling and analyzing. This project aims at developingsuch tools to analyze sequence composition, abundance and evolution of repetitive DNA sequences which make up major part of most higher plant genomes. In addition to the development of novel bioinformatic approaches and corresponding computer programs

Kategorie VaV

ZV - Základní výzkum

CEP - hlavní obor

EB - Genetika a molekulární biologie

CEP - vedlejší obor

GE - Šlechtění rostlin

CEP - další vedlejší obor

IN - Informatika

OECD FORD - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)

10201 - Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)<br>10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>30101 - Human genetics<br>40105 - Horticulture, viticulture<br>40106 - Agronomy, plant breeding and plant protection; (Agricultural biotechnology to be 4.4)

Hodnocení poskytovatelem

V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)

Zhodnocení výsledků projektu

Metody pro srovnávací analýzu složení repetitivní DNA v genomech rostlin vyvinuté během předchozího řešení projektu byly v tomto roce aplikovány na celkem 36 druhů ze čtyř čeledí vyšších rostlin. Výsledkem této práce bylo několik publikací v mezinárodní?

Zahájení řešení

1. 5. 2010

Ukončení řešení

31. 12. 2012

Poslední stav řešení

U - Ukončený projekt

Poslední uvolnění podpory

27. 2. 2012

Důvěrnost údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Systémové označení dodávky dat

CEP13-MSM-OC-U/01:1

Datum dodání záznamu

28. 6. 2013

Celkové uznané náklady

3 116 tis. Kč

Výše podpory ze státního rozpočtu

1 494 tis. Kč

Ostatní veřejné zdroje financování

1 622 tis. Kč

Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.

0 tis. Kč