Ekosystém pro sdílení volně dostupných proteomických dat: Rozšíření jeho funkcí.
Cíle projektu
Hlavním cílem ODEEP-EU je zefektivnit opětovné použití veřejných dat z oblasti proteomiky. Důležité je, že toto opětovné použití veřejně dostupných dat, které musí být podpořeno volně dostupnými zdrojovými kódy a softwarem, je spojeno s třemi klíčovými aspekty: (i) vytvoření a udržení referenčních datasetů včetně jejich anotace a návodů na opětovné použití; (ii) snížení složitosti postupů pro opětovné použití pomocí anotace metadat, dostupnosti vysoce kvalitních dat pro danou problematiku a existence volně dostupných softwarových řešení pro opětovnou analýzu; a (iii) integrace již existujících frameworků (z projektu ELIXIR) pro sdílení volně dostupných softwarů a zálohování do systému Software Heritage. V rámci projektů propojíme vědeckou komunitou (zejména v oblastech struktury bílkovin, biochemie, molekulární a terénní biologie) v akademické sféře a průmyslu. Výsledkem bude existence stabilního a důvěryhodného prostředí pro uchovávaní proteomických dat včetně opětovnému použití.
Klíčová slova
Veřejná podpora
Poskytovatel
Technologická agentura ČR
Program
Program na podporu aplikovaného výzkumu a experimentálního vývoje EPSILON
Veřejná soutěž
—
Hlavní účastníci
Mikrobiologický ústav AV ČR, v. v. i.
Druh soutěže
M2 - Mezinárodní spolupráce
Číslo smlouvy
TH86010001 - Smlouva o poskytnutí podpory
Alternativní jazyk
Název projektu anglicky
The Open Data Exchange Ecosystem in Proteomics: Evolving its Utility
Anotace anglicky
The main objective of ODEEP-EU is to supercharge re-use of the public data in proteomics. This reuse of open data is driven and enabled by open and shared source software tools and pipelines, and revolves around three key aspects: (i) the creation and curation of a variety of key, reference data sets, complete with annotation and example re-use paths; (ii) the dramatic lowering of access and reuse thresholds through metadata annotation, concrete, high-profile example use cases, and availability of reusable software tools for re-analysis; and (iii) the integration of the existing frameworks for open source software tool sharing and versioning into the Software Heritage system. We will interconnect and cross-fertilize with different life sciences communities (notably protein structure researchers, biochemists, molecular biologists, and field biologists) in academia and industry. All this to firmly and permanently launch proteomics data and its reuse.
Vědní obory
Kategorie VaV
VV - Experimentální vývoj
OECD FORD - hlavní obor
10609 - Biochemical research methods
OECD FORD - vedlejší obor
10608 - Biochemistry and molecular biology
OECD FORD - další vedlejší obor
10406 - Analytical chemistry
CEP - odpovídající obory
(dle převodníku)CB - Analytická chemie, separace
CE - Biochemie
EB - Genetika a molekulární biologie
Termíny řešení
Zahájení řešení
1. 1. 2024
Ukončení řešení
31. 12. 2025
Poslední stav řešení
K - Končící víceletý projekt
Poslední uvolnění podpory
28. 2. 2024
Dodání dat do CEP
Důvěrnost údajů
C - Předmět řešení projektu podléhá obchodnímu tajemství (§ 504 Občanského zákoníku), ale název projektu, cíle projektu a u ukončeného nebo zastaveného projektu zhodnocení výsledku řešení projektu (údaje P03, P04, P15, P19, P29, PN8) dodané do CEP, jsou upraveny tak, aby byly zveřejnitelné.
Systémové označení dodávky dat
CEP25-TA0-TH-R
Datum dodání záznamu
21. 2. 2025
Finance
Celkové uznané náklady
4 680 tis. Kč
Výše podpory ze státního rozpočtu
3 976 tis. Kč
Ostatní veřejné zdroje financování
0 tis. Kč
Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.
704 tis. Kč
Základní informace
Uznané náklady
4 680 tis. Kč
Statní podpora
3 976 tis. Kč
84%
Poskytovatel
Technologická agentura ČR
OECD FORD
Biochemical research methods
Doba řešení
01. 01. 2024 - 31. 12. 2025