Asociační analýza (GWAS) hrachu setého (Pisum sativum L.) a identifikace SNP markerů pro genomickou selekci hospodářsky významných znaků

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00027006%3A_____%2F20%3A10149348" target="_blank" >RIV/00027006:_____/20:10149348 - isvavai.cz</a>

Nalezeny alternativní kódy

RIV/26296080:_____/20:N0000081 RIV/26784246:_____/20:N0000012

Výsledek na webu

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

čeština

Název v původním jazyce

Asociační analýza (GWAS) hrachu setého (Pisum sativum L.) a identifikace SNP markerů pro genomickou selekci hospodářsky významných znaků

Popis výsledku v původním jazyce

Za účelem identifikace DNA markerů spojených s agronomickými znaky (délka rostliny, počet větví, typ olistění, tvar a barva semene, počet a hmotnost semen, HTS, odolnost vůči padlí a PEMV) a kvalitativními znaky semen (obsah N-látek a škrobu) byla provedena asociační analýza (GWAS) u hrachu setého (Pisum sativum L.). Soubor 564 genotypů polního a dřeňového hrachu byl hodnocen v letech 2019 a 2020 na třech lokalitách (Šumperk, Olomouc, Smržice). Pro zjištění SNP variant byla použita metoda DArTseq analýzy sekvenování knihoven DNA s redukovanou komplexitou. Asociační analýzou byla získána sada 376 SNP markerů, jejichž pozice na jednotlivých chromozomech byla určena na základě referenční sekvence hrachu. Pro detekci SNP je uvedena 69 bp dlouhá sekvence přiléhající k asociovaným SNP, kterou lze využít pro všechny známé postupy detekce markerů typu SNP (hybridizačně, enzymaticky, sekvenačně i fyzikálně založené metody detekce SNP). Identifikované markery mohou být využity pro efektivnější šlechtění hrachu.

Název v anglickém jazyce

Association Analysis (GWAS) of Pea (Pisum sativum L.) and Identification of SNP Markers for Genomic Selection of Economically Important Traits

Popis výsledku anglicky

Genome-Wide-Association Study (GWAS) was performed to identify DNA markers associated with agronomic (plant height, number of branches, leaf type, seed shape and colour, seed yield and seed weight, TSW, resistance to powdery mildew and PEMV) and seed quality (protein and starch content) traits in pea (Pisum sativum L.). A set of 564 accessions of field and garden pea was evaluated in 2019 and 2020 on three locations (Šumperk, Olomouc, Smržice). DArTseq sequencing of DNA libraries with reduced complexity was used for identification of SNP variants. 376 SNP markers were obtained, whose position on individual chromosomes was determined based on pea reference sequence. For SNP detection, a 69 bp sequence attached to associated SNPs was provided, which can be used for any available approaches of SNP markers detection (hybridization, enzymatic, sequenation and physical SNP detection methods). Identified markers may be used for more efficient pea breeding.

Druh

J_ost - Ostatní články v recenzovaných periodicích

CEP obor

—

OECD FORD obor

40106 - Agronomy, plant breeding and plant protection; (Agricultural biotechnology to be 4.4)

Projekt

<a href="/cs/project/TN01000062" target="_blank" >TN01000062: Biotechnologické centrum pro genotypování rostlin</a><br>

Návaznosti

I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace

Rok uplatnění

2020

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název periodika

Úroda

ISSN

0139-6013

e-ISSN

—

Svazek periodika

68

Číslo periodika v rámci svazku

12

Stát vydavatele periodika

CZ - Česká republika

Počet stran výsledku

8

Strana od-do

27-34

Kód UT WoS článku

—

EID výsledku v databázi Scopus

—