Charakterizace genetické diverzity populací genetických zdrojů české červinky a českého strakatého skotu na základě genomické analýzy SNP markerů

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00027014%3A_____%2F20%3AN0000123" target="_blank" >RIV/00027014:_____/20:N0000123 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

<a href="https://vuzv.cz/_privat/20120.pdf" target="_blank" >https://vuzv.cz/_privat/20120.pdf</a>

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

čeština

Název v původním jazyce

Charakterizace genetické diverzity populací genetických zdrojů české červinky a českého strakatého skotu na základě genomické analýzy SNP markerů

Popis výsledku v původním jazyce

Genetické zdroje (GZ) jsou unikátním a nenahraditelným zdrojem genů pro další zlepšování biologického a hospodářského potenciálu produkčních organismů v zemědělství. Zachování agrobiodiverzity umožňuje čelit změnám prostředí a klimatu, odolávat novým patogenům a rozšiřovat možnosti šlechtění. Cílem studie byl odhad parametrů genetické diverzity GZ české červinky a původního nezušlechtěného plemene českého strakatého skotu a dále porovnání původní české červinky s revitalizovanou populací červinky, která vznikla po převodném křížení s českým strakatým skotem. Genomická analýza SNP markerů a stanovení genotypů bylo provedeno pomocí hybridizace purifikované DNA na standartních bovinních 50K BeadChip miroarrays. Parametry genetické diverzity - heterozygotnost (H), koeficient inbreedingu (FIS), fixační index (FST) a struktura genetické variability (PCA analýza) byly odhadnuty programem PLINK. Studie prokázala značný stupeň alelického polymorfismu (92,6 - 94,32 %) avšak nižší hodnoty průměrné heterozygotnosti jednotlivých subpopulací (0,362 – 0,377). Za velice pozitivní zjištění lze považovat nulové hodnoty průměrného koeficientu inbreedingu FIS. Podle nízkých hodnot fixačního indexu FST a výsledku PCA analýzy nejsou mezi populacemi původní a revitalizované červinky významné genetické rozdíly. Získané poznatky byly poskytnuty Národnímu referenčnímu středisku pro genetické zdroje zvířat s ohledem na možné využití v cílené ochraně ohrožených genofondů původních plemen českého skotu.

Název v anglickém jazyce

Characterization of genetic diversity in populations of genetic resources of Czech Red cattle and Czech Pied cattle based on genomic analysis of SNP markers

Popis výsledku anglicky

Genetic resources are a unique and unrecoverable source of genes for further improving the biological and economic potential of production organisms. Preserving agrobiodiversity makes it possible to tackle environmental and climate change, resist against new pathogens and expand breeding possibilities. The aim of the study was to estimate the parameters of genetic diversity of Czech Red cattle and the indigenous Czech Pied cattle and to compare the ancient Czech Red cattle with a revitalized population after a back crossbreeding with Czech Pied cattle. Genomic analysis of SNP markers and genotyping were performed by hybridization of purified DNA to the standard Illumina 50K BeadChip bovine microarrays. Genetic diversity parameters - heterozygosity (H), inbreeding coefficient (FIS), fixation index (FST) and structure of genetic variability (by means of PCA analysis) were estimated by PLINK. The study showed a significant degree of allelic polymorphism (92.6 - 94.32%), but lower values ​​of the average heterozygosity of particular subpopulations (0.362 - 0.377). The zero values ​​of the average inbreeding coefficients can be considered a very positive finding. According to the low values ​​of the fixation index and the result of the PCA analysis, there are no significant genetic differences between the populations of the ancient and revitalized Czech Red cattle. The findings were provided to the National Reference Center for Animal Genetic Resources with regard to the possible use in the targeted protection of endangered gene pools of the indigenous Czech cattle breeds.

Druh

D - Stať ve sborníku

CEP obor

—

OECD FORD obor

40203 - Husbandry

Projekt

—

Návaznosti

I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace

Rok uplatnění

2020

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název statě ve sborníku

Generace za generací: Šlechtění v našich chovech

ISBN

978-80-7403-236-3

ISSN

—

e-ISSN

—

Počet stran výsledku

8

Strana od-do

30-37

Název nakladatele

Výzkumný ústav živočišné výroby, v.v.i.

Místo vydání

Praha Uhříněves

Místo konání akce

Praha Uhříněves

Datum konání akce

8. 10. 2020

Typ akce podle státní příslušnosti

CST - Celostátní akce

Kód UT WoS článku

—