Zhodnocení příbuznosti prasat

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00027014%3A_____%2F22%3AN0000234" target="_blank" >RIV/00027014:_____/22:N0000234 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

<a href="https://vuzv.cz/_privat/22236.pdf" target="_blank" >https://vuzv.cz/_privat/22236.pdf</a>

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

čeština

Název v původním jazyce

Zhodnocení příbuznosti prasat

Popis výsledku v původním jazyce

Studie byla zaměřena na současnou analýzu genetické diverzity lokálního přeštického černostrakatého plemene prasat pomocí genealogických a za použití SNP dat. Rodokmenový soubor zohledňoval informace o otci, matce, datu narození, pohlaví, plemenné linii a stádu pro 1971 jedinců. Analýza SNP (n=181) byla provedena na čipu Illumina PorcineSNP60 BeadChip. Byla vyhodnocena kvalita rodokmenu a SNP dat spolu s koeficienty příbuzenské plemenitby (F) a efektivní velikostí populace (Ne). Spearmanovy pořadové korelace zohledňovaly vztah mezi F vypočteným na základě ROH (s minimální délkou v Mbp) a Fped tj. dle inbreedingu rodokmenu. Průměrná hodnota Fped pro všechna zvířata byla 3,44 %, zatímco Froh se pohybovala od 10,81 % pro minimální velikost 1 Mbp do 3,98 % pro Froh s 16 Mbp. Průměrná minoritní alela byla 0,282 ± 0,109. Pozorovaná (Ho) a očekávaná (He) heterozygotnost byla 0,382 ± 0,126 a 0,372 ± 0,119. Efektivní velikost populace získaná na základě obou základních zdrojů dat, dosahovala hodnot kolem 50 zvířat. Mírné korelační koeficienty (0,491-0,542) byly zjištěny mezi Fped a Froh. Přestože jsou genealogické údaje zaznamenány na vysoké úrovni, měly by závěry z analýz dat SNP hrát větší roli při rozhodování při zachovávání a ochraně genetické diverzity plemene.

Název v anglickém jazyce

Evaluation of pigs inbreeding

Popis výsledku anglicky

The study was focused on the current analysis of the genetic diversity of the local Přeštice black-spotted pig breed using genealogical and SNP data. The pedigree file considered sire, dam, date of birth, sex, breeding line and herd information for 1,971 individuals. SNP analysis (n=181) was performed on the Illumina PorcineSNP60 BeadChip. Pedigree and SNP data quality was evaluated along with inbreeding coefficients (F) and effective population size (Ne). Spearman rank correlations took into account the relationship between F calculated on the basis of ROH (with a minimum length in Mbp) and Fped, i.e. according to pedigree inbreeding.

Druh

O - Ostatní výsledky

CEP obor

—

OECD FORD obor

40203 - Husbandry

Projekt

<a href="/cs/project/QK1910217" target="_blank" >QK1910217: Vytvoření referenční populace a vývoj postupů pro odhad genomických plemenných hodnot znaků prasat zařazených do Českého národního šlechtitelského programu.</a><br>

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace

Rok uplatnění

2022

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů