Metodika identifikace topolu černého pomocí DNA markerů

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00027073%3A_____%2F24%3AN0000052" target="_blank" >RIV/00027073:_____/24:N0000052 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

<a href="https://www.vukoz.cz/wp-content/uploads/2025/01/Metodika-identifikace-topolu-cerneho.pdf" target="_blank" >https://www.vukoz.cz/wp-content/uploads/2025/01/Metodika-identifikace-topolu-cerneho.pdf</a>

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

čeština

Název v původním jazyce

Metodika identifikace topolu černého pomocí DNA markerů

Popis výsledku v původním jazyce

Tato metodika je určena k ověření druhové čistoty topolu černého a jeho odlišení od topolu kanadského a jejich kříženců na základě fragmentační analýzy 8 markerů (6 diagnostických, 1 informativní, 1 STS marker) seskupených do dvou multiplexů. Pomocí této metodiky a zjištěných velikostí specifických alel topolu bavlníkového lze v testovaném porostu topolů dále zaznamenat možný genetický tok mezi topolem černým a topolem kanadským, které se mezi sebou v přírodě hojně kříží. První generaci kříženců (topol bavlníkový × topol černý, tj. topoly kanadské) lze detekovat snadno již pomocí 1 markeru. Avšak v hybridních populacích můžeme očekávat různé stupně křížení mezi jedinci. Již u první generace zpětných kříženců (BC1, tj. kříženci mezi topolem kanadským a topolem černým) a druhé generace kříženců (topol kanadský × topol kanadský) je situace složitější a nestačí použití jednoho markeru. Kvůli meiotické segregaci alel může u diagnostických markerů nastat s určitou pravděpodobností záměna BC1 kříženců, druhé generace kříženců a dalších generací za topol černý. Tato pravděpodobnost se snižuje s použitím vyššího počtu markerů. Senzitivita testu při použití 6 diagnostických markerů je u první generace kříženců 100 %, u druhé generace kříženců 99,98 % a BC1 kříženců 98,44 %.

Název v anglickém jazyce

The methodology of black poplar indentification using DNA markers

Popis výsledku anglicky

The aim of this methodology is to describe the method of distinguishing black poplar from Euramerican poplar and its hybrids using DNA fragment analysis. Eight markers (six diagnostic SSR markers, one informative SSR marker and 1 STS marker) were grouped into two multiplexes. Described Eastern cottonwood specific alleles can also be used to study possible gene flow between the black poplar and the Euramerican poplar that cross abundantly in nature. The first generation of interspecific hybrids (Eastern cottonwood × black poplar, i.e. Euramerican poplars) can be easily detected with just one marker. However, the different generations of crossings can be expected in poplar populations. The situation is already more complicated in the hybrids of the second generation (Euramerican poplar × Euramerican poplar) and the first generation of backcrosses (BC1, i.e. crosses between Euramerican poplar and black poplar) when the use of just one marker is insufficient. Due to meiotic segregation of alleles, there is a certain probability of confusion that BC1 hybrids, the hybrids of the second or higher generation of crossing would be determined with diagnostic markers as black poplar. This probability decreases with higher number of used markers. The sensitivity of the test using six diagnostic markers is 100% for the first generation hybrids, 99.98% for the second generation hybrids and 98.44% for BC1 hybrids.

Druh

N_metC - Metodiky certifikované oprávněným orgánem

CEP obor

—

OECD FORD obor

10608 - Biochemistry and molecular biology

Projekt

<a href="/cs/project/QK22010142" target="_blank" >QK22010142: Záchrana populace topolu černého a jeho využití ve vodohospodářství a lesnictví</a><br>

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Rok uplatnění

2024

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Interní identifikační kód produktu

3/2024-056

Číslo předpisu

MZE-73785/2024-16222/M286

Technické parametry

Metodika byla publikována pod ISBN 978-80-87674-52-9 (vázáno), ISBN 978-80-87674-54-3 (online; pdf) a schválena (certifikována) Ministerstvem zemědělství ČR dne 14. 11. 2024 (č.j. MZE-73785/2024-16222/M286). Smlouva o uplatnění metodiky zpracované v rámci řešení výzkumného projektu NAZV QK22010142 byla uzavřena dne s 8.10.2024 s Lesy města Olomouce, a.s. se sídlem Lomená 177/4, 779 00 Olomouc - Neředín, IČ: 28633032, zastoupeny Ing. Davidem Janáskem a Mgr. Miroslavem Žbánkem, MPA; kontaktní osoba Ing. David Janásek, janasek@lesyol.cz a 9.10.2024 s Povodím Vltavy, státním podnikem se sídlem Holečkova 3178/8, Smíchov, 150 00 Praha 5, IČ:70889953, statutární orgán RNDr. Petr Kubala; kontaktní osoba Mgr. Jiří Vait, jiri.vait@pvl.cz.

Ekonomické parametry

Minimalizace možné záměny topolu černého za topol kanadský nebo jejich vzájemné křížence má ekonomicky nevyčíslitelný význam pro lesní a vodní hospodářství ve formě pozitivního vlivu na životní prostředí při zajištění stabilizace ohrožených lesních a břehových porostů i liniových výsadeb. Popsaný postup sníží náklady standardně vybavených laboratoří, neboť využití dvou multiplexů vede k ušetření nákladů na použitých chemických ingrediencích a času.

Označení certifikačního orgánu

Ministerstvo zemědělství, Těšnov 17, Praha 1, Česká republika

Datum certifikace

—

Způsoby využití výsledku

C - Výsledek je využíván bez omezení okruhu uživatelů