Metoda magnetických separací jako nástroj pro účinnější detekci mykobakterií?

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00027162%3A_____%2F19%3AN0000030" target="_blank" >RIV/00027162:_____/19:N0000030 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

<a href="http://www.rank.cz/files/sbornik-RANK-2019.pdf" target="_blank" >http://www.rank.cz/files/sbornik-RANK-2019.pdf</a>

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

čeština

Název v původním jazyce

Metoda magnetických separací jako nástroj pro účinnější detekci mykobakterií?

Popis výsledku v původním jazyce

15. ročník konference RANK 2019, 6. a 7. února 2019 v prostorách hotelu Zlatá Štika v Pardubicích – poster. Metoda magnetických separací (MS) se používá s cílem koncentrovat patogeny ze vstupní matrice do minimálního objemu a získat DNA v dostatečném množství a čistotě. Mykobakterie jsou odpovědné za onemocnění u lidí a zvířat, obecně nazývané jako mykobakteriózy. Principu MS lze použít i pro izolaci Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis (MAP), které je původcem závažného onemocnění skotu, granulomatózní enteritidy – paratuberkulózy neboli tzv. Johneho choroby. Toto onemocnění je charakterizované zejména průjmem a ztrátou tělesné hmotnosti a postihuje kromě skotu také ostatní hospodářská zvířata, jako jsou ovce a kozy. Vyskytuje se také u volně žijících druhů, jako jsou jeleni, daňci, mufloni a divoká prasata. MAP je navíc podezříváno ze zoonotického potenciálu, přispívající k rozvoji humánní Crohnovy choroby. Hlavními důvody pro zlepšování detekčních metod pro MAP jsou tedy zdraví zvířat a lidí prostřednictvím sledování výskytu MAP v potravním řetězci (maso, mléko nebo mléčné výrobky). Pro detekci MAP se využívají různé typy matric (mléko, kolostrum, trus, tkáně nebo krev). Izolaci MAP z těchto typů matric však komplikuje přítomnost mnoha inhibičních látek. MS umožňuje selektivní separaci buď samotné DNA, nebo celé buňky cílové bakterie od jiných necílových mikroorganismů a inhibičních látek s cílem koncentrovat cílové bakterie ze vstupní matrice do menšího objemu a dosáhnout tak maximální výtěžnosti. V rámci experimentu byla otestována účinnost izolace MAP DNA pomocí komerčně dostupných izolačních kitů využívajících jak metodu MS, tak klasické silikátové kolonky. Pro hledání nejvhodnějšího izolačního kitu byly použity všechny komerčně dostupné kity pro izolaci DNA z mléka (testováno celkem 6 kitů, 5 magnetických, 1 se silikátovými kolonkami) a trusu (testováno celkem 12 kitů, 4 magnetické, 8 se silikátovými kolonkami). Účinnosti izolací obou typů izolačních metod a matric byly následně statisticky vyhodnoceny.

Název v anglickém jazyce

Magnetic separation method as a tool for more effective mycobacterial detection?

Popis výsledku anglicky

15th RANK 2019 Conference, 6th and 7th February 2019 at the Hotel Zlatá Štika in Pardubice - poster. Magnetic separation method (MS) is used in order to concentrate pathogens from initial matrix into a smaller volume and obtain DNA about a sufficient amount and purity. Mycobacteria are responsible for diseases of humans and animals, generally called as mycobacteriosis. The principle of MS can be used also for isolation of Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis (MAP), which is an etiological agent of severe cattle disease, granulomatous enteritis – paratuberculosis, also called Johne´s disease. This disease is particularly characterized by diarrhea and loss of body weight and attacks besides cattle also other livestock such as sheep and goats. It also occurs in wild species such as deer, fallow-deer, moufflons and wild boars. In addition, MAP is suspected of its zoonotic potential, contributing to a development of human Crohn´s disease. Main reasons for improving of MAP detection methods are therefore animal and human health through monitoring of MAP occurence in the food chain (meat, milk or milk products). Different types of matrices are used for a MAP detection (milk, colostrum, faeces, tissues or blood). However, the isolation of MAP out of these types of matrices is complicated by the presence of many inhibitor substances. MS facilitates selective separation either DNA itself or whole target bacteria cell from other non-target microorganisms and inhibition substances in order to concentrate target bacteria from initial matrix into a smaller volume and obtain maximal recovery. In the experiment, the efficiency of MAP DNA isolation was tested using comercially available isolation kits using both the method MS and classic silicate columns. To find the most suitable isolation kit, all comercially available kits for DNA isolation from milk (tested in total 6 kits, 5 magnetic, 1 silica) and faeces (in total tested 12 kits, 4 magnetic, 8 silica) were used. The isolation efficiency of both types of isolation methods and matrices were subsequently statistically evaluated.

Druh

O - Ostatní výsledky

CEP obor

—

OECD FORD obor

10608 - Biochemistry and molecular biology

Projekt

—

Návaznosti

I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace

Rok uplatnění

2019

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů