Konstrukce a testování stability referenčního standardu pro detekci a kvantifikaci Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis v trusu metodou qPCR

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00027162%3A_____%2F19%3AN0000260" target="_blank" >RIV/00027162:_____/19:N0000260 - isvavai.cz</a>

Nalezeny alternativní kódy

RIV/00027162:_____/19:N0000322

Výsledek na webu

<a href="http://www.rank.cz/files/sbornik-RANK-2019.pdf" target="_blank" >http://www.rank.cz/files/sbornik-RANK-2019.pdf</a>

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

čeština

Název v původním jazyce

Konstrukce a testování stability referenčního standardu pro detekci a kvantifikaci Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis v trusu metodou qPCR

Popis výsledku v původním jazyce

15. ročník konference RANK 2019, 6. a 7. února 2019 v prostorách hotelu Zlatá Štika v Pardubicích – poster. Kvantitativní PCR (qPCR) v dnešní době představuje jednu z nejvíce využívaných přímých metod detekce a kvantifikace Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis (MAP). Množství MAP stanovené pomocí qPCR však závisí na typu použitého kvantifikačního standardu qPCR (plazmid, izolovaná DNA), což v praxi může vést k situaci, kdy není možné navzájem porovnat výsledky stanovené různými testy qPCR v různých laboratořích. Vytvoření referenčního standardu by mělo přinést sjednocení kvantifikačních standardů při detekci MAP a umožnit porovnávání kvantitativních dat mezi různými laboratořemi. Cílem této studie bylo vytvořit prototyp referenčního standardu pro kvantifikaci MAP v trusu metodou qPCR, nalézt vhodnou matrici pro uchovávání a otestovat stabilitu a reprodukovatelnost v průběhu času. S ohledem na stabilitu, uchovávání a případnou přepravu byla jako nejvhodnější forma standardu zvolena lyofilizovaná suspenze trusu, která byla uměle kontaminována referenčním kmenem MAP. Celkem bylo použito pět typů lyofilizačních matric a ve čtrnáctidenních intervalech byl sledován jejich vliv na stabilitu MAP. Z lyofilizovaného standardu byla izolována DNA pomocí standardizovaného protokolu a následně byla provedena kvantifikace MAP metodou qPCR. Byla vybrána nejvhodnější lyofilizační matrice, která bude následně testována při různých skladovacích podmínkách.

Název v anglickém jazyce

Construction and stability testing of the reference standard for the detection and quantification of Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis in faeces by qPCR

Popis výsledku anglicky

15th RANK 2019 Conference, 6th and 7th February 2019 at the Hotel Zlatá Štika in Pardubice – poster. Quantitative PCR (qPCR) is one of the most widely used direct methods of detection and quantification of Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis (MAP). However, the amount of MAP determined by qPCR depends on the type of used quantification standard (plasmid, isolated DNA), which in practice can lead to a situation where it is not possible to compare the results of different qPCR tests in different laboratories. Construction of the reference standard should bring unification of the quantification standards in MAP detection and allow comparison of quantitative data between different laboratories. The aim of this study was to prepare a prototype of reference standard for quantification of MAP in faeces by the qPCR method, to find a suitable storage matrix and to test stability and reproducibility over time. With regard to stability, storage and possible shipment, a lyophilized suspension of faeces artificially contaminated with a reference MAP strain was chosen as the most suitable form of the standard. In total, five types of lyophilization matrices were used and their effects on MAP stability were monitored at two-weekly intervals. DNA from the lyophilized standard was isolated using a standardized protocol, and MAP quantification was performed using qPCR. The most suitable lyophilization matrix was selected and subsequently tested under different storage conditions.

Druh

O - Ostatní výsledky

CEP obor

—

OECD FORD obor

10608 - Biochemistry and molecular biology

Projekt

<a href="/cs/project/VI20152020044" target="_blank" >VI20152020044: Multiplexní xMAP technologie pro komplexní detekci patogenních agens významných z pohledu zajištění ochrany zdraví lidí a zvířat</a><br>

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace

Rok uplatnění

2019

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů