Genotypy norovirů u pacientů Fakultní nemocnice v Plzni, Česká republika, 2017–2020

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00027162%3A_____%2F21%3AN0000269" target="_blank" >RIV/00027162:_____/21:N0000269 - isvavai.cz</a>

Nalezeny alternativní kódy

RIV/00669806:_____/21:10437195 RIV/00216208:11140/21:10437195

Výsledek na webu

<a href="https://www.prolekare.cz/casopisy/epidemiologie/2021-4-24/genotypy-noroviru-u-pacientu-fakultni-nemocnice-v-plzni-ceska-republika-2017-2020-129438" target="_blank" >https://www.prolekare.cz/casopisy/epidemiologie/2021-4-24/genotypy-noroviru-u-pacientu-fakultni-nemocnice-v-plzni-ceska-republika-2017-2020-129438</a>

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

čeština

Název v původním jazyce

Genotypy norovirů u pacientů Fakultní nemocnice v Plzni, Česká republika, 2017–2020

Popis výsledku v původním jazyce

Noroviry patří do čeledi Caliciviridae. V současnosti jsou tyto viry klasifikovány minimálně do 10 genoskupin. Význam norovirů v České republice není zatím intenzivně sledován. Cílem studie bylo přispět ke znalostem o jejich cirkulaci v naší populaci na základě určení jednotlivých genotypů u pacientů, u kterých byla norovirová infekce diagnostikována rutinním vyšetřením během hospitalizace ve Fakultní nemocnici v Plzni. Soubor nemocných, metodika Od června 2017 do března 2020 byla diagnóza norovirové infekce potvrzena u 118 pacientů. Laboratorní vyšetření: Vzorky nativní stolice nemocných s projevy gastroenteritidy byly rutinně zpracovány kvalitativním imunochromatografickým testem RIDAQuick Norovirus (R-Biopharm AG) na stanovení noroviru genoskupiny I a II podle pokynu výrobce. Následně byla provedena molekulárně–biologická analýza vzorků. Ze vzorků stolice byla připravena 10% suspenze v roztoku fosfátového pufru, ze které byla soupravou QIAamp Viral RNA Mini Kit (Qiagen) izolována nukleová kyselina dle návodu výrobce. Dále byla provedena reverzní transkripce a amplifikace (PCR) specifické oblasti genomu norovirů (tzv. region C). PCR produkty o specifické velikosti byly přečištěny pomocí QIAquick PCR Purification Kit (Qiagen) a odeslány na sekvenování (Eurofins Genomics). Získané sekvence byly analyzovány v programu MEGA verze X. Zařazení prokázaných virů do jednotlivých genotypů bylo ověřeno s použitím Norovirus Typing Tool Version 2.0 (https://www.rivm.nl/mpf/typingtool/norovirus/). Výsledky Během sledovaného období bylo prokázáno 14 různých genotypů, resp. variant z genoskupin GI, GII a GIX (dříve GII.15). Nejčastěji byly potvrzeny infekce vyvolané noroviry (NoV) GII.4 Sydney-2012, které vyvolaly 70,3 % onemocnění. Tato varianta norovirů byla prokázána ve 24 měsících z celkového počtu 34 měsíců sledování. Norovirové infekce se vyskytovaly především v podzimních a zimních měsících (říjen-březen), v tomto období bylo diagnostikováno 68, tj. 57,6 % onemocnění. Norovirová infekce byla potvrzena ve všech věkových skupinách, věk pacientů se pohyboval od 0 do 96 let (medián 8, průměr 27,9 let). Analýza zastoupení nejčastější varianty NoV GII.4 Sydney-2012 potvrdila statisticky významný rozdíl ve výskytu této varianty ve věkové skupině 0-4 let při porovnání se staršími osobami (χ2 = 5,37, P=0,02). Pacienti s norovirovou infekcí měli bydliště vesměs v okrese Plzeň-město (51 osob). Z anamnézy nemocných vyplynulo, že 35 z nich (29,7 %) mělo v době prvních příznaků dalšího nemocného s příznaky gastroenteritidy v rodině. Závěr Studie je prvním pokusem o zmapování molekulární epidemiologie norovirů nejen v Plzeňském kraji, ale v celé České republice. I přes relativně nízké počty oficiálně hlášených onemocnění patří nepochybně noroviry i u nás k velmi důležitým původcem gastroenteritid, je proto žádoucí rozšiřovat spektrum našich znalostí o jejich cirkulaci.

Název v anglickém jazyce

Genotyping of noroviruses originating from patients of the University Hospital Pilsen, the Czech Republic, 2017-2020

Popis výsledku anglicky

Noroviruses are members of the family Caliciviridae and can be segregated into at least 10 genogroups. Up to date, distribution of these viruses has not been intensively investigated in the Czech Republic. Therefore a pilot study was performed to contribute to the knowledge of norovirus circulation in our population. Clinical material originating from patients with diagnosed norovirus infection was analysed and distribution of norovirus genotypes during their hospitalization in University Hospital Pilsen was determined. Characterization of the patients and methods Norovirus infection of a total of 118 patients was diagnosed between July 2017 and March 2020. Stool samples originating from patients suffering with gastroenteritis were primarily tested by RIDA®QUICK Norovirus detection assay (R-Biopharm AG) according to the manufacturer’s instructions to confirm the presence of noroviruses of genogroups I and II. Subsequently, norovirus positive samples were analysed by molecular-biological methods. Briefly, stool samples were suspended in phosphate buffered saline (resulting in 10% suspension) and nucleic was extracted by the QIAamp Viral RNA kit (Qiagen) according to the manufacturer’s instructions. To investigate the genotype distribution, RT-PCR targeting specific region of norovirus genome (region C) was employed, followed by purification of PCR products by QIAquick PCR Purification Kit (Qiagen) and sequencing (Eurofins Genomics). Obtained sequences were analysed using MEGA X software and the results of phylogenetic analyses were confirmed by Norovirus Typing Tool Version 2.0 (https://www.rivm.nl/mpf/typingtool/norovirus/. Results During afore mentioned period of time, 14 genotypes of noroviruses were identified; resp. variants of genogroups NoV GI, NoV GII and NoV GIX (previously NoV GII.15). The major genotype NoV GII.4 Sydney-2012 was detected in a total of 70.3% of norovirus gastroenteritis cases occurring within 24 months throughout the study period 34 months. In general, the number of norovirus infections increased during autumn and winter months (October to March) when 68 cases were diagnosed (i.e. 57.6% of monitored cases). Although norovirus infection was confirmed in all age categories (age of patients ranged from 0 to 96 years; median 8, mean 27.9 years), the statistical analysis revealed significant difference in the incidence of NoV GII.4 Sydney-2012 infection of the age group 0-4 years old compared to the elderly (χ2 = 5.37, P = 0.02). The monitored patients were mostly residents of Pilsen-city district (51). Their anamnestic data showed that 35 of them (29.7%) reported another family member with symptoms of gastroenteritis at the time of the first signs of infection. Conclusion The obtained results represent a pilot study focused on molecular epidemiology of noroviruses not only in the Pilsen Region, but in the whole Czech Republic. Despite the relatively low number of officially reported cases, the noroviruses are undoubtedly one of the most important causative agents of gastroenteritis in our country. Therefore it is wanted to expand the range of our knowledge about their ecology and circulation.

Druh

J_imp - Článek v periodiku v databázi Web of Science

CEP obor

—

OECD FORD obor

10607 - Virology

Projekt

<a href="/cs/project/NV17-31921A" target="_blank" >NV17-31921A: Viry v souvislosti s alimentárními infekcemi – molekulární epidemiologie a metody rychlé detekce</a><br>

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Rok uplatnění

2021

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název periodika

Epidemiologie, mikrobiologie, imunologie

ISSN

1210-7913

e-ISSN

1805-451X

Svazek periodika

70

Číslo periodika v rámci svazku

4

Stát vydavatele periodika

CZ - Česká republika

Počet stran výsledku

8

Strana od-do

233-240

Kód UT WoS článku

000753327300002

EID výsledku v databázi Scopus

2-s2.0-85123878598