Diagnostická souprava pro multiplexní průkaz patogenů prasat pomocí real time PCR

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00027162%3A_____%2F24%3AN0000096" target="_blank" >RIV/00027162:_____/24:N0000096 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

čeština

Název v původním jazyce

Diagnostická souprava pro multiplexní průkaz patogenů prasat pomocí real time PCR

Popis výsledku v původním jazyce

Předmětem funkčního vzorku je sada 16 PCR ve formátu SybrGreen, která umožňuje vzájemné kvantitativní porovnání všech cílových taxonů ve vyšetřovaném vzorku. Mezi cílové organismy byly zahrnuty patogenní baktérie, které se nejčastěji vyskytují v trávicím traktu prasat. Jedná se tedy o Clostridium perfringens, Clostridiodes dificille, Salmonella enterica, Brachyspira pilosicoli, Brachyspira hyodysenteriae, Lawsonia intracellularis, tři druhy rodu Campylobacter (Campylobacter jejuni, Campylobacter coli a Campylobacter lari) a různé kmeny E. coli, včetně „celkové“ E. coli, enterotoxigenní E. coli (termolabilní LT toxin a termostabilní STa toxin) a verotoxigenní E. coli (verotoxin VT2e, VT2a a VT1).

Název v anglickém jazyce

Diagnostic set for the detection of pig pathogens by multiplex real time PCR

Popis výsledku anglicky

A real time PCR set has detecting 16 target taxa in tested samples has been developed. The set enables quantification and mutual abundance comparison of target taxa. Target microorganisms include pathogenic bacteria common to intestinal tract of pigs. These include Clostridium perfringens, Clostridiodes dificille, Salmonella enterica, Brachyspira pilosicoli, Brachyspira hyodysenteriae, Lawsonia intracellularis, three species belonging to genus Campylobacter (Campylobacter jejuni, Campylobacter coli and Campylobacter lari) and different strains of E. coli including „total“ E. coli, enterotoxigeniv E. coli (thermolabile LT toxin and thermostable STa toxin) and verotoxigenic E. coli (verotoxins VT2e, VT2a and VT1).

Druh

G_funk - Funkční vzorek

CEP obor

—

OECD FORD obor

40301 - Veterinary science

Projekt

<a href="/cs/project/QK23020036" target="_blank" >QK23020036: Trvale udržitelná produkce selat do a po odstavu spojená se zvýšením welfare</a><br>

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Rok uplatnění

2024

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Interní identifikační kód produktu

5304/2024

Číselná identifikace

—

Technické parametry

Sada PCR je primárně určena pro kvantifikaci patogenů u selat a prasat s nejasnými klinickými projevy infekce. Sada PCR se ale dá použít i ve smyslu projektů na farmách. Jednou z možností je klasifikace prasnic na základě přítomnosti enterotoxigenních E. coli v jejich střevní mikroflóře a odlišném managementu selat od vysoce a nízce pozitivních prasnic. Naopak minimální zastoupení Cl. perfringens a absence Cl. difficile u prasnic ukazuje, že u selat je tato infekce zejména environmentálního původu. O to více ale stojí za to sledovat absolutní zastoupení těchto agens, protože pozitivní jsou skoro všechna selata před odstavem a jen prostý kultivační průkaz nebo průkaz pomocí kvalitativní PCR nemá smysl.

Ekonomické parametry

Tento funkční vzor zjednodušuje diagnostiku, protože místo vícero kultivačních vyšetření stačí jednou izolovat DNA a poté provést PCR na 15 různých cílů. Místo 15 samostatných vyšetření se tak provede jedno jediné. Celková cena za stanovení všech 15 cílů ve vyšetřovaném vzorku je do 2000 Kč, což je sice více než jedno cílené kultivační vyšetření, ale pokud by se jednalo o dvě nezávislé kultivace, např. na přítomnost E. coli a Salmonella s došetřením získaných E. coli na přítomnost genů pro enterotoxiny, navrhovaná multiplex PCR již vyjde levněji. Navíc izolovanou DNA ze vzorků lze využít na vyšetření dalších cílů až včetně metagenomického sekvenování. Izolovanou DNA lze po dohodě s chovateli dlouhodobě skladovat a vytvářet tak postupně databanku DNA z trusu hospodářských zvířat. I samotný majitel může retrospektivně požádat o nové vyšetření z uchované DNA, anebo se tento materiál dá použít obecně, anonymně, k retrospektivnímu došetření na přítomnost patogenů, které se teprve v budoucnu objeví.

Kategorie aplik. výsledku dle nákladů

—

IČO vlastníka výsledku

00027162

Název vlastníka

Výzkumný ústav veterinárního lékařství, v. v. i., Hudcova 296/70, 621 00 Brno, Medlánky, Česká republika

Stát vlastníka

CZ - Česká republika

Druh možnosti využití

N - Využití výsledku jiným subjektem je možné bez nabytí licence (výsledek není licencován)

Požadavek na licenční poplatek

N - Poskytovatel licence na výsledek nepožaduje licenční poplatek

Adresa www stránky s výsledkem

—