SNPman: a program for genotype calling using run data from TaqMan allelic discrimination

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00064203%3A_____%2F11%3A7026" target="_blank" >RIV/00064203:_____/11:7026 - isvavai.cz</a>

Nalezeny alternativní kódy

RIV/00216208:11130/11:7026

Výsledek na webu

<a href="http://bioinformatics.oxfordjournals.org/" target="_blank" >http://bioinformatics.oxfordjournals.org/</a>

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

SNPman: a program for genotype calling using run data from TaqMan allelic discrimination

Popis výsledku v původním jazyce

The SNPman program calls the genotypes of single nucleotide polymorphisms (SNP) from TaqMan allelic discrimination assays. It utilizes the fluorescence data collected over the whole PCR run, rather than relying on the end point fluorescence measurementsthat is the basis of the genotype calling process in most software solutions sold with the real-time instruments. This inspection of run data facilitates genotype calls in difficult sample sets, especially in those containing various concentrations of DNA or inhibitors, as indicated by results of a reanalysis of 3738 genotyping samples. The program works with data from three different widely used PCR instruments.

Název v anglickém jazyce

SNPman: a program for genotype calling using run data from TaqMan allelic discrimination

Popis výsledku anglicky

The SNPman program calls the genotypes of single nucleotide polymorphisms (SNP) from TaqMan allelic discrimination assays. It utilizes the fluorescence data collected over the whole PCR run, rather than relying on the end point fluorescence measurementsthat is the basis of the genotype calling process in most software solutions sold with the real-time instruments. This inspection of run data facilitates genotype calls in difficult sample sets, especially in those containing various concentrations of DNA or inhibitors, as indicated by results of a reanalysis of 3738 genotyping samples. The program works with data from three different widely used PCR instruments.

Druh

J_x - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)

CEP obor

CE - Biochemie

OECD FORD obor

—

Projekt

—

Návaznosti

I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace

Rok uplatnění

2011

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název periodika

Bioinformatics

ISSN

1367-4803

e-ISSN

—

Svazek periodika

27

Číslo periodika v rámci svazku

16

Stát vydavatele periodika

GB - Spojené království Velké Británie a Severního Irska

Počet stran výsledku

3

Strana od-do

2306-2308

Kód UT WoS článku

000293620800022

EID výsledku v databázi Scopus

—