Relationship of Bacteria Using Comparison of Whole Genome Sequences in Frequency Domain
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00159816%3A_____%2F14%3A00063518" target="_blank" >RIV/00159816:_____/14:00063518 - isvavai.cz</a>
Nalezeny alternativní kódy
RIV/00216305:26220/14:PU109324
Výsledek na webu
<a href="http://dx.doi.org/10.1007/978-3-319-06593-9" target="_blank" >http://dx.doi.org/10.1007/978-3-319-06593-9</a>
DOI - Digital Object Identifier
<a href="http://dx.doi.org/10.1007/978-3-319-06593-9" target="_blank" >10.1007/978-3-319-06593-9</a>
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
angličtina
Název v původním jazyce
Relationship of Bacteria Using Comparison of Whole Genome Sequences in Frequency Domain
Popis výsledku v původním jazyce
Developing sequencing techniques provide understanding the molecular phylogeny at the whole genome level. The phylogeny derived from 16S rRNA gene is the universally accepted DNA sequence-based method today; so far there is no widely accepted approach toinfer phylogenetic relationships from complete genome data. If the entire genome is used, the data reflect organismal evolution, not the evolution on a single gene level. We propose a new method for determination of relationship of bacteria based on whole genome data. The method compares whole genomic DNA sequences in frequency domain. The proposed method was tested on phyla level on 168 bacteria from four phyla and on order level - 121 bacteria from phylum Proteobacteria, class Gammaproteobacteria were classified. The classification on both levels was successful in more than 82%.
Název v anglickém jazyce
Relationship of Bacteria Using Comparison of Whole Genome Sequences in Frequency Domain
Popis výsledku anglicky
Developing sequencing techniques provide understanding the molecular phylogeny at the whole genome level. The phylogeny derived from 16S rRNA gene is the universally accepted DNA sequence-based method today; so far there is no widely accepted approach toinfer phylogenetic relationships from complete genome data. If the entire genome is used, the data reflect organismal evolution, not the evolution on a single gene level. We propose a new method for determination of relationship of bacteria based on whole genome data. The method compares whole genomic DNA sequences in frequency domain. The proposed method was tested on phyla level on 168 bacteria from four phyla and on order level - 121 bacteria from phylum Proteobacteria, class Gammaproteobacteria were classified. The classification on both levels was successful in more than 82%.
Klasifikace
Druh
J<sub>x</sub> - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)
CEP obor
EB - Genetika a molekulární biologie
OECD FORD obor
—
Návaznosti výsledku
Projekt
Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.
Návaznosti
P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)
Ostatní
Rok uplatnění
2014
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Údaje specifické pro druh výsledku
Název periodika
Advances in Intelligent Systems and Computing
ISSN
2194-5357
e-ISSN
—
Svazek periodika
283
Číslo periodika v rámci svazku
2014
Stát vydavatele periodika
DE - Spolková republika Německo
Počet stran výsledku
12
Strana od-do
397-408
Kód UT WoS článku
000352133800036
EID výsledku v databázi Scopus
—