Progressive alignment of genomic signals by multiple dynamic time warping

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00159816%3A_____%2F15%3A00065650" target="_blank" >RIV/00159816:_____/15:00065650 - isvavai.cz</a>

Nalezeny alternativní kódy

RIV/00216305:26220/15:PU115334

Výsledek na webu

<a href="http://dx.doi.org/10.1016/j.jtbi.2015.08.007" target="_blank" >http://dx.doi.org/10.1016/j.jtbi.2015.08.007</a>

DOI - Digital Object Identifier

<a href="http://dx.doi.org/10.1016/j.jtbi.2015.08.007" target="_blank" >10.1016/j.jtbi.2015.08.007</a>

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

Progressive alignment of genomic signals by multiple dynamic time warping

Popis výsledku v původním jazyce

This paper presents the utilization of progressive alignment principle for positional adjustment of a set of genomic signals with different lengths. The new method of multiple alignment of signals based on dynamic time warping is tested for the purpose of evaluating the similarity of different length genes in phylogenetic studies. Two sets of phylogenetic markers were used to demonstrate the effectiveness of the evaluation of intraspecies and interspecies genetic variability. The part of the proposed method is modification of pairwise alignment of two signals by dynamic time warping with using correlation in a sliding window. The correlation based dynamic time warping allows more accurate alignment dependent on local homologies in sequences without the need of scoring matrix or evolutionary models, because mutual similarities of residues are included in the numerical code of signals. (C) 2015 The Authors. Published by Elsevier Ltd.

Název v anglickém jazyce

Progressive alignment of genomic signals by multiple dynamic time warping

Popis výsledku anglicky

This paper presents the utilization of progressive alignment principle for positional adjustment of a set of genomic signals with different lengths. The new method of multiple alignment of signals based on dynamic time warping is tested for the purpose of evaluating the similarity of different length genes in phylogenetic studies. Two sets of phylogenetic markers were used to demonstrate the effectiveness of the evaluation of intraspecies and interspecies genetic variability. The part of the proposed method is modification of pairwise alignment of two signals by dynamic time warping with using correlation in a sliding window. The correlation based dynamic time warping allows more accurate alignment dependent on local homologies in sequences without the need of scoring matrix or evolutionary models, because mutual similarities of residues are included in the numerical code of signals. (C) 2015 The Authors. Published by Elsevier Ltd.

Druh

J_x - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)

CEP obor

FS - Lékařská zařízení, přístroje a vybavení

OECD FORD obor

—

Projekt

Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Rok uplatnění

2015

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název periodika

Journal of Theoretical Biology

ISSN

0022-5193

e-ISSN

—

Svazek periodika

385

Číslo periodika v rámci svazku

NOV

Stát vydavatele periodika

GB - Spojené království Velké Británie a Severního Irska

Počet stran výsledku

11

Strana od-do

20-30

Kód UT WoS článku

000364272900003

EID výsledku v databázi Scopus

—