FireProt 2.0: Webová platforma pro plně automatizovaný návrh termostabilních proteinů

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00159816%3A_____%2F23%3A00079802" target="_blank" >RIV/00159816:_____/23:00079802 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

čeština

Název v původním jazyce

FireProt 2.0: Webová platforma pro plně automatizovaný návrh termostabilních proteinů

Popis výsledku v původním jazyce

Protokol FireProt umožňuje automatizovaný výpočetní návrh vysoce stabilních vícebodových mutantů. FireProt 2.0 integruje databázi AlphaFold a homologické modelování pro predikci struktury; což umožňuje výpočty začínající sekvencí. Vícebodové návrhy jsou konstruovány pomocí Bron-Kerboschova algoritmu; který minimalizuje antagonistický efekt mezi jednotlivými mutacemi. Uživatelé mohou nově omezit výpočet FireProtu na sadu uživatelsky definovaných mutací; spustit saturační mutagenezi celého proteinu nebo vybrat rigidifikující mutace na základě B-faktorů. Evolučně založená strategie &quot;back-to-consensus&quot; je doplněna rekonstrukcí ancestrální sekvence.

Název v anglickém jazyce

FireProt 2.0: Web-based Platform for the Fully-Automated Design of Thermostable Proteins

Popis výsledku anglicky

FireProt protocol enables the automated computational design of highly stable multiple-point mutants. FireProt 2.0 integrates the AlphaFold database and the homology modelling for structure prediction; enabling calculations starting from a sequence. Multiple-point designs are constructed using the Bron-Kerbosch algorithm minimizing the antagonistic effect between the individual mutations. Users can newly limit the FireProt calculation to a set of user-defined mutations; run a saturation mutagenesis of the whole protein; or select rigidifying mutations based on B-factors. Evolution-based back-to-consensus strategy is complemented by ancestral sequence reconstruction.

Druh

R - Software

CEP obor

—

OECD FORD obor

10201 - Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)

Projekt

<a href="/cs/project/LX22NPO5107" target="_blank" >LX22NPO5107: Národní ústav pro neurologický výzkum</a><br>

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Rok uplatnění

2023

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Interní identifikační kód produktu

SW_4_2023

Technické parametry

V budoucnu je plánována komerční nabídka potencionálním partnerům z komerční sféry.

Ekonomické parametry

Doposud je využíváno interně k výzkumným účelům.

IČO vlastníka výsledku

00159816

Název vlastníka

Fakultní nemocnice u sv. Anny v Brně