Caver Web 2.0: Analysis of Tunnels and Ligand Transport in Dynamic Ensembles of Proteins

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00159816%3A_____%2F25%3A00082507" target="_blank" >RIV/00159816:_____/25:00082507 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

<a href="https://loschmidt.chemi.muni.cz/caverweb/" target="_blank" >https://loschmidt.chemi.muni.cz/caverweb/</a>

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

Caver Web 2.0: Analysis of Tunnels and Ligand Transport in Dynamic Ensembles of Proteins

Popis výsledku v původním jazyce

CaverWeb 2.0 is a new version of a user-friendly web server designed for the analysis of protein tunnels and channels, as well as the study of ligand transport through these pathways. This tool utilizes the robust tunnel detection algorithm of Caver 3.02 and the docking capabilities of CaverDock 1.0 to provide a comprehensive suite of functionalities for researchers in structural biology and computational chemistry. Caver Web automatically identifies and characterizes tunnels within protein structures, providing detailed information about their geometry, topology, and potential functional significance. The tool allows users to simulate the transport of ligands through identified tunnels, generating energy profiles and trajectories that reveal the mechanistic details of ligand translocation. Newly Caver Web analyzes tunnels within molecular dynamics (MD) trajectories, providing insights into the dynamic nature of these pathways and their potential role in protein function. Moreover, by analyzing MD snapshots, Caver Web can assess the accessibility of protein binding sites, providing valuable information for drug discovery and design. The tool also enables screening user-defined libraries of compounds against identified tunnels, identifying potential drug candidates that can efficiently traverse the protein&apos;s interior.

Název v anglickém jazyce

Caver Web 2.0: Analysis of Tunnels and Ligand Transport in Dynamic Ensembles of Proteins

Popis výsledku anglicky

CaverWeb 2.0 is a new version of a user-friendly web server designed for the analysis of protein tunnels and channels, as well as the study of ligand transport through these pathways. This tool utilizes the robust tunnel detection algorithm of Caver 3.02 and the docking capabilities of CaverDock 1.0 to provide a comprehensive suite of functionalities for researchers in structural biology and computational chemistry. Caver Web automatically identifies and characterizes tunnels within protein structures, providing detailed information about their geometry, topology, and potential functional significance. The tool allows users to simulate the transport of ligands through identified tunnels, generating energy profiles and trajectories that reveal the mechanistic details of ligand translocation. Newly Caver Web analyzes tunnels within molecular dynamics (MD) trajectories, providing insights into the dynamic nature of these pathways and their potential role in protein function. Moreover, by analyzing MD snapshots, Caver Web can assess the accessibility of protein binding sites, providing valuable information for drug discovery and design. The tool also enables screening user-defined libraries of compounds against identified tunnels, identifying potential drug candidates that can efficiently traverse the protein&apos;s interior.

Druh

R - Software

CEP obor

—

OECD FORD obor

10201 - Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)

Projekt

<a href="/cs/project/LM2023055" target="_blank" >LM2023055: Česká národní infrastruktura pro biologická data</a><br>

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Rok uplatnění

2025

Kód důvěrnosti údajů

C - Předmět řešení projektu podléhá obchodnímu tajemství (§ 504 Občanského zákoníku), ale název projektu, cíle projektu a u ukončeného nebo zastaveného projektu zhodnocení výsledku řešení projektu (údaje P03, P04, P15, P19, P29, PN8) dodané do CEP, jsou upraveny tak, aby byly zveřejnitelné.

Interní identifikační kód produktu

6-SW-2025

Technické parametry

Doposud je využíváno interně k výzkumným účelům.

Ekonomické parametry

V budoucnu je plánována nabídka potencionálním partnerům z komerční sféry.

IČO vlastníka výsledku

—

Název vlastníka

Fakultní nemocnice u sv. Anny v Brně; České vysoké učení technické