Building Mass Spectrometry Spectral Libraries of Human Cancer Cell Lines

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00209805%3A_____%2F16%3AN0000120" target="_blank" >RIV/00209805:_____/16:N0000120 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

<a href="http://www.linkos.cz/files/klinicka-onkologie/209/5077.pdf" target="_blank" >http://www.linkos.cz/files/klinicka-onkologie/209/5077.pdf</a>

DOI - Digital Object Identifier

<a href="http://dx.doi.org/10.14735/amko20164S54" target="_blank" >10.14735/amko20164S54</a>

Jazyk výsledku

slovinština

Název v původním jazyce

Tvorba hmotnostne spektrometrických spektrálnych knižníc nádorových bunečných línií

Popis výsledku v původním jazyce

Kvantifikácia proteínov v modelových nádorových bunečných líniách a v nádorových tkanivách je často predmetom onkologického výskumu. Metóda SWATH (sequential Windows acquisition of all theoretical fragment ion spectra), novinka v kvantitatívnej onkoproteomike, získava čoraz väčšiu popularitu, pretože umožňuje kvantifikáciu všetkých proteínov zaznamenaných v spektrálnej knižnici. Spektrálna knižnica obsahuje fragmentačné informácie o každom detekovateľnom proteíne vo vzorke. Dôkladná príprava spektrálnej knižnice výrazne vylepší kvantifikáciu obzvlášť nízkoabundantných proteínov, ktoré často zohrávajú výnamnú úlohu v nádorových ochoreniach. V tomto článku sa venujeme optimalizácii prípravy spektrálnej knižnice s cieľom maximalizovať počet kvantifi kovateľných proteínov v modelovej bunečnej línii MCF-7 odvodenej od karcinómu prsníka. Experiment je zameraný na optimalizáciu postupu prípravy vzorky pred vstupom do hmotnostného spektrometru, kde bol skúmaný vplyv zloženia lyzačného pufru, vplyv postupu rozpúšťania peptidov a vplyv materiálu mikroskúmaviek na počet proteínov v spektrálnej knižnici. V neposlednom rade boli optimalizované aj parametre merania na hmotnostnom spektrometri pre získavanie dát do spektrálnej knižnice. Dôslednou optimalizáciou postupu sa podarilo pripraviť spektrálnu knižnicu obsahujúcu fragmentačné informácie o 1 653 proteínoch (FDR < 1%) z 1 μg lyzátu MCF-7. Hlavným prínosom optimalizácie postupu prípravy spektrálnej knižnice je rozšírenie pokrytia proteómu vo SWATH digitálnych bio bankách umožňujúcich kvantifikáciu ľubovoľného proteínu vo fyzicky už nedostupných vzorkách. Kvalitné spektrálne knižnice by mohli v budúcnosti zohrávať kľúčovú úlohu pri tvorbe digitálnych fingerprintov proteómu pacientov.

Název v anglickém jazyce

Building Mass Spectrometry Spectral Libraries of Human Cancer Cell Lines

Popis výsledku anglicky

Cancer research often focuses on protein quantification in model cancer cell lines and cancer tissues. SWATH (sequential windowed acquisition of all theoretical fragment ion spectra), the state of the art method, enables the quantification of all proteins included in spectral library. Spectral library contains fragmentation patterns of each detectable protein in a sample. Thorough spectral library preparation will improve quantitation of low abundant proteins which usually play an important role in cancer. Our research is focused on the optimization of spectral library preparation aimed at maximizing the number of identified proteins in MCF-7 breast cancer cell line. First, we optimized the sample preparation prior entering the mass spectrometer. We examined the effects of lysis buff er composition, peptide dissolution protocol and the material of sample vial on the number of proteins identified in spectral library. Next, we optimized mass spektrometry (MS) method for spectral library data acquisition. Our thorough optimized protocol for spectral library building enabled the identification of 1,653 proteins (FDR < 1%) in 1 μg of MCF-7 lysate. This work contributed to the enhancement of protein coverage in SWATH digital biobanks which enable quantification of arbitrary protein from physically unavailable samples. In future, high quality spectral libraries could play a key role in preparing of patient proteome digital fingerprints.

Druh

J_x - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)

CEP obor

FD - Onkologie a hematologie

OECD FORD obor

—

Projekt

<a href="/cs/project/LO1413" target="_blank" >LO1413: RECAMO2020</a><br>

Návaznosti

I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace

Rok uplatnění

2016

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název periodika

Klinická onkologie

ISSN

0862-495X

e-ISSN

—

Svazek periodika

29

Číslo periodika v rámci svazku

Suppl 4

Stát vydavatele periodika

CZ - Česká republika

Počet stran výsledku

5

Strana od-do

4S54–4S58

Kód UT WoS článku

—

EID výsledku v databázi Scopus

2-s2.0-85008881083