Hammock - Hidden Markov Model based clustering of short
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00209805%3A_____%2F16%3AN0000193" target="_blank" >RIV/00209805:_____/16:N0000193 - isvavai.cz</a>
Výsledek na webu
<a href="http://www.recamo.cz/en/software/hammock-cluster-peptides/" target="_blank" >http://www.recamo.cz/en/software/hammock-cluster-peptides/</a>
DOI - Digital Object Identifier
—
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
angličtina
Název v původním jazyce
Hammock - Hidden Markov Model based clustering of short
Popis výsledku v původním jazyce
Hammock is a software tool for peptide sequence clustering based upon the usage of profile Hidden Markov Models. It is especially suitable for large datasets comprising of short sequences, e.g. data obtained by NGS deep sequencing of Phage Display libraries.
Název v anglickém jazyce
Hammock - Hidden Markov Model based clustering of short
Popis výsledku anglicky
Hammock is a software tool for peptide sequence clustering based upon the usage of profile Hidden Markov Models. It is especially suitable for large datasets comprising of short sequences, e.g. data obtained by NGS deep sequencing of Phage Display libraries.
Klasifikace
Druh
R - Software
CEP obor
EB - Genetika a molekulární biologie
OECD FORD obor
—
Návaznosti výsledku
Projekt
<a href="/cs/project/LO1413" target="_blank" >LO1413: RECAMO2020</a><br>
Návaznosti
P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)
Ostatní
Rok uplatnění
2016
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Údaje specifické pro druh výsledku
Interní identifikační kód produktu
Hammock, version 1.0.6
Technické parametry
popis softwaru viz publikace: Krejci, A., Hupp, T., Lexa, M., Vojtesek, B., Muller, P. Hammock: a hidden Markov model-based peptide clustering algorithm to identify 5 protein-interaction consensus motifs in large datasets. Bioinformatics 2016;32(1):9-16. (IF2015: 5,766)
Ekonomické parametry
Vyvinutý SW umožňuje vědecké zpracování rozsáhlého souboru dat - konkrétně shlukuje a třídí sekvence peptidů, což umožňuje hodnocení proteinových interakcí. Bez počítačového zpracování rozsáhlých souborů dat by nebyl v této oblasti další výzkum možný. Protože nebyl sw sloužící k požadovanému účelu dostupný na trhu, byl vyvinut výzkumným týmem. Ekonomický dopad sw je těžko vyčíslitelný, umožní další výzkumné postupy, které by jinak nebyly možné. Sw slouží čistě výzkumným účelům.
IČO vlastníka výsledku
00209805
Název vlastníka
Masarykův onkologický ústav