Stanovení DNA metylace v BRCA2 genu na elektrodových biočipech

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00209805%3A_____%2F17%3A00077795" target="_blank" >RIV/00209805:_____/17:00077795 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

<a href="https://www.linkos.cz/files/klinicka-onkologie/213.pdf" target="_blank" >https://www.linkos.cz/files/klinicka-onkologie/213.pdf</a>

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

čeština

Název v původním jazyce

Stanovení DNA metylace v BRCA2 genu na elektrodových biočipech

Popis výsledku v původním jazyce

Úvod: DNA metylace tlumí expresi genů, a hraje tak důležitou roli v proliferaci nebo diferenciaci buněk. Abnormální metylace DNA, zejména promotorů genů, je často asociována se vznikem nádorových onemocnění, a proto se analýza metylace DNA jeví jako zajímavá možnost při včasné diagnostice nádorů, případně při určení jejich invazivity, progrese, nebo metastatického potenciálu. Jednou z metod analýzy by mohla být i elektrochemie, která nabízí finančně nenáročné přístrojové vybavení, rychlé měření a paralelní detekci více vzorků. Materiál a metody: Analyzovali jsme metylační status konkrétního místa promotoru genu BRCA2, hrajícího roli při vzniku karcinomu mléčné žlázy. Tuto sekvenci jsme hybridizovali na magnetické kuličky a štěpili pomocí metyl-sensitivní restriktázy BstUI, která štěpí restrikční místo CGCG u nemetylované DNA, nikoliv však u metylované DNA. Po přidání značené DNA sondy a peroxidázy jsme sledovali enzymatickou reakci na elektrodovém čipu. Výsledky: Nejdřív jsme pomocí gelové elektroforézy ověřili vhodnost navržených sond a efektivitu štěpení restriktázy BstUI. Následně jsme tyto sondy a BstUI enzym použili v kombinaci s magnetickými kuličkami a s výslednou detekcí na elektrodovém čipu. Ukázali jsme, že výsledky dobře korelují s gelem, tj. že značená sonda byla na magnetických kuličkách restriktázou odštěpena pouze u nezametylovaného restrikčního místa. V případě, že restrikční místo bylo zametylováno, k štěpení nedošlo a výsledný signál byl vysoký. Ukázali jsme i dobrou reprodukovatelnost měření. Závěr: Elektrochemická detekce se jeví jako potenciálně zajímavý nástroj, který by společně s magnetickými kuličkami a restrikčními enzymy mohl jednoduchým způsobem určit metylační status konkrétního místa v DNA.

Název v anglickém jazyce

Analysis of DNA Methylation in BRCA2 Gene Using Electrode Biochips

Popis výsledku anglicky

Backgrounds: Since DNA methylation results in gene silencing, it plays an important role in cell proliferation and differentiation. Abnormal DNA methylation is often associated with carcinogenesis, and therefore its analysis could be an interesting option in early diagnostics of cancer, determination of tumour invasiveness, progression or metastatic potential. One of the methods for DNA analysis could be also electrochemistry, which offers inexpensive instrumentation, short measurement times and parallel detection of samples. Materials and Methods: We have analyzed methylation status of a DNA site within a BRCA2 gene promoter sequence, which is associated with breast cancer. We hybridized this sequence at magnetic beads and then we incubated them with methylation-sensitive restriction endonuclease BstUI, which specifically cleaves non-methylated restriction site CGCG, but not methylated one. After addition of labeled DNA probe and peroxidase, we monitored enzymatic reaction at the electrode chip. Results: First, we tested suitability of designed DNA probes and effectiveness of BstUI cleavage using gel electrophoresis. Afterwards, we applied these probes and the enzyme to the magnetic beads, with the final detection at the electrode chip. We show good correlation of electrochemical and electrophoresis results, i.e. that labelled DNA probe was removed only when DNA containing non-methylated restriction site was incubated with BstUI. When this restriction site was methylated, no cleavage occurred and the resulting signal was high. We also show good reproducibility of the measurement. Conclusion: Electrochemical detection, in combination with magnetic beads and restriction enzymes, could be a potentially useful tool for determination of methylation status of a specific DNA sequence.

Druh

D - Stať ve sborníku

CEP obor

—

OECD FORD obor

10608 - Biochemistry and molecular biology

Projekt

<a href="/cs/project/LO1413" target="_blank" >LO1413: RECAMO2020</a><br>

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Rok uplatnění

2017

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název statě ve sborníku

Klinická onkologie

ISBN

—

ISSN

0862-495X

e-ISSN

1802-5307

Počet stran výsledku

3

Strana od-do

"S149"-"S151"

Název nakladatele

Česká lékařská společnost J.E. Purkyně

Místo vydání

Praha

Místo konání akce

Brno

Datum konání akce

26. 4. 2017

Typ akce podle státní příslušnosti

CST - Celostátní akce

Kód UT WoS článku

—