Vše

Co hledáte?

Vše
Projekty
Výsledky výzkumu
Subjekty

Rychlé hledání

  • Projekty podpořené TA ČR
  • Významné projekty
  • Projekty s nejvyšší státní podporou
  • Aktuálně běžící projekty

Chytré vyhledávání

  • Takto najdu konkrétní +slovo
  • Takto z výsledků -slovo zcela vynechám
  • “Takto můžu najít celou frázi”

Pull-down Assay on Streptavidin Beads and Surface Plasmon Resonance Chips for SWATH-MS-based Interactomics

Identifikátory výsledku

  • Kód výsledku v IS VaVaI

    <a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00209805%3A_____%2F18%3A00078032" target="_blank" >RIV/00209805:_____/18:00078032 - isvavai.cz</a>

  • Nalezeny alternativní kódy

    RIV/00216224:14310/18:00101543

  • Výsledek na webu

    <a href="http://cgp.iiarjournals.org/content/15/5/395.long" target="_blank" >http://cgp.iiarjournals.org/content/15/5/395.long</a>

  • DOI - Digital Object Identifier

    <a href="http://dx.doi.org/10.21873/cgp.20098" target="_blank" >10.21873/cgp.20098</a>

Alternativní jazyky

  • Jazyk výsledku

    angličtina

  • Název v původním jazyce

    Pull-down Assay on Streptavidin Beads and Surface Plasmon Resonance Chips for SWATH-MS-based Interactomics

  • Popis výsledku v původním jazyce

    Pul-down assay is a popular in vitro method for identification of physical interactors of selected proteins. Here, for the first time, we compared three conventional variants of pull-down assay with the streptavidin-modified surface plasmon resonance (SPR) chips for the detection of PDZ and LIM domain protein 2 (PDLIM2) interaction partners. PDLIM2 protein-protein interactions were analysed by three variants of pull-down assay on streptavidin beads using LC-MS/MS in &quot;Sequential Window Acquisition of all Theoretical fragment ion spectra (SWATH)&quot; mode and compared with LC-SWATH-MS/MS data from SPR chips. The results showed that (i) the use of SPR chip led to comparable data compared to on-column streptavidin beads, (ii) gravity flow and microflow in wash and elution steps provided better results than centrifugation, and (iii) type and concentration of detergent did not significantly affect the interactome data of cancer-associated PDLIM2. Our study supports further application of SPR-based affinity purification with SWATH mass spectrometry for reproducible and controlled characterization of cancer-associated interactomes.

  • Název v anglickém jazyce

    Pull-down Assay on Streptavidin Beads and Surface Plasmon Resonance Chips for SWATH-MS-based Interactomics

  • Popis výsledku anglicky

    Pul-down assay is a popular in vitro method for identification of physical interactors of selected proteins. Here, for the first time, we compared three conventional variants of pull-down assay with the streptavidin-modified surface plasmon resonance (SPR) chips for the detection of PDZ and LIM domain protein 2 (PDLIM2) interaction partners. PDLIM2 protein-protein interactions were analysed by three variants of pull-down assay on streptavidin beads using LC-MS/MS in &quot;Sequential Window Acquisition of all Theoretical fragment ion spectra (SWATH)&quot; mode and compared with LC-SWATH-MS/MS data from SPR chips. The results showed that (i) the use of SPR chip led to comparable data compared to on-column streptavidin beads, (ii) gravity flow and microflow in wash and elution steps provided better results than centrifugation, and (iii) type and concentration of detergent did not significantly affect the interactome data of cancer-associated PDLIM2. Our study supports further application of SPR-based affinity purification with SWATH mass spectrometry for reproducible and controlled characterization of cancer-associated interactomes.

Klasifikace

  • Druh

    J<sub>imp</sub> - Článek v periodiku v databázi Web of Science

  • CEP obor

  • OECD FORD obor

    10608 - Biochemistry and molecular biology

Návaznosti výsledku

  • Projekt

    Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.

  • Návaznosti

    P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Ostatní

  • Rok uplatnění

    2018

  • Kód důvěrnosti údajů

    S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Údaje specifické pro druh výsledku

  • Název periodika

    Cancer genomics &amp; proteomics

  • ISSN

    1109-6535

  • e-ISSN

  • Svazek periodika

    15

  • Číslo periodika v rámci svazku

    5

  • Stát vydavatele periodika

    GR - Řecká republika

  • Počet stran výsledku

    10

  • Strana od-do

    395-404

  • Kód UT WoS článku

    000444004800005

  • EID výsledku v databázi Scopus

    2-s2.0-85052992178