Vše

Co hledáte?

Vše
Projekty
Výsledky výzkumu
Subjekty

Rychlé hledání

  • Projekty podpořené TA ČR
  • Významné projekty
  • Projekty s nejvyšší státní podporou
  • Aktuálně běžící projekty

Chytré vyhledávání

  • Takto najdu konkrétní +slovo
  • Takto z výsledků -slovo zcela vynechám
  • “Takto můžu najít celou frázi”

The suboptimal structures find the optimal RNAs: homology search for bacterial non-coding RNAs using suboptimal RNA structures

Identifikátory výsledku

  • Kód výsledku v IS VaVaI

    <a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216208%3A11110%2F11%3A9191" target="_blank" >RIV/00216208:11110/11:9191 - isvavai.cz</a>

  • Výsledek na webu

    <a href="http://dx.doi.org/10.1093/nar/gkq1186" target="_blank" >http://dx.doi.org/10.1093/nar/gkq1186</a>

  • DOI - Digital Object Identifier

Alternativní jazyky

  • Jazyk výsledku

    angličtina

  • Název v původním jazyce

    The suboptimal structures find the optimal RNAs: homology search for bacterial non-coding RNAs using suboptimal RNA structures

  • Popis výsledku v původním jazyce

    Non-coding RNAs (ncRNAs) are regulatory molecules encoded in the intergenic or intragenic regions of the genome. In prokaryotes, biocomputational identification of homologs of known ncRNAs in other species often fails due to weakly evolutionarily conserved sequences, structures, synteny and genome localization, except in the case of evolutionarily closely related species. To eliminate results from weak conservation, we focused on RNA structure, which is the most conserved ncRNA property. Analysis of thestructure of one of the few well-studied bacterial ncRNAs, 6S RNA, demonstrated that unlike optimal and consensus structures, suboptimal structures are capable of capturing RNA homology even in divergent bacterial species. A computational procedure forthe identification of homologous ncRNAs using suboptimal structures was created. The suggested procedure was applied to strongly divergent bacterial species and was capable of identifying homologous ncRNAs.

  • Název v anglickém jazyce

    The suboptimal structures find the optimal RNAs: homology search for bacterial non-coding RNAs using suboptimal RNA structures

  • Popis výsledku anglicky

    Non-coding RNAs (ncRNAs) are regulatory molecules encoded in the intergenic or intragenic regions of the genome. In prokaryotes, biocomputational identification of homologs of known ncRNAs in other species often fails due to weakly evolutionarily conserved sequences, structures, synteny and genome localization, except in the case of evolutionarily closely related species. To eliminate results from weak conservation, we focused on RNA structure, which is the most conserved ncRNA property. Analysis of thestructure of one of the few well-studied bacterial ncRNAs, 6S RNA, demonstrated that unlike optimal and consensus structures, suboptimal structures are capable of capturing RNA homology even in divergent bacterial species. A computational procedure forthe identification of homologous ncRNAs using suboptimal structures was created. The suggested procedure was applied to strongly divergent bacterial species and was capable of identifying homologous ncRNAs.

Klasifikace

  • Druh

    J<sub>x</sub> - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)

  • CEP obor

    EE - Mikrobiologie, virologie

  • OECD FORD obor

Návaznosti výsledku

  • Projekt

  • Návaznosti

    S - Specificky vyzkum na vysokych skolach

Ostatní

  • Rok uplatnění

    2011

  • Kód důvěrnosti údajů

    S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Údaje specifické pro druh výsledku

  • Název periodika

    Nucleic Acids Research

  • ISSN

    0305-1048

  • e-ISSN

  • Svazek periodika

    39

  • Číslo periodika v rámci svazku

    8

  • Stát vydavatele periodika

    GB - Spojené království Velké Británie a Severního Irska

  • Počet stran výsledku

    9

  • Strana od-do

    3418-3426

  • Kód UT WoS článku

    000290055200040

  • EID výsledku v databázi Scopus