Vše

Co hledáte?

Vše
Projekty
Výsledky výzkumu
Subjekty

Rychlé hledání

  • Projekty podpořené TA ČR
  • Významné projekty
  • Projekty s nejvyšší státní podporou
  • Aktuálně běžící projekty

Chytré vyhledávání

  • Takto najdu konkrétní +slovo
  • Takto z výsledků -slovo zcela vynechám
  • “Takto můžu najít celou frázi”

CRISPR/Cas9-targeted enrichment and long-read sequencing of the Fuchs endothelial corneal dystrophy-associated TCF4 triplet repeat

Identifikátory výsledku

  • Kód výsledku v IS VaVaI

    <a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216208%3A11110%2F19%3A10400590" target="_blank" >RIV/00216208:11110/19:10400590 - isvavai.cz</a>

  • Nalezeny alternativní kódy

    RIV/00064165:_____/19:10400590

  • Výsledek na webu

    <a href="https://verso.is.cuni.cz/pub/verso.fpl?fname=obd_publikace_handle&handle=apyg7BW6GH" target="_blank" >https://verso.is.cuni.cz/pub/verso.fpl?fname=obd_publikace_handle&handle=apyg7BW6GH</a>

  • DOI - Digital Object Identifier

    <a href="http://dx.doi.org/10.1038/s41436-019-0453-x" target="_blank" >10.1038/s41436-019-0453-x</a>

Alternativní jazyky

  • Jazyk výsledku

    angličtina

  • Název v původním jazyce

    CRISPR/Cas9-targeted enrichment and long-read sequencing of the Fuchs endothelial corneal dystrophy-associated TCF4 triplet repeat

  • Popis výsledku v původním jazyce

    Purpose: To demonstrate the utility of an amplification-free long-read sequencing method to characterize the Fuchs endothelial corneal dystrophy (FECD)-associated intronic TCF4 triplet repeat (CTG18.1). Methods: We applied an amplification-free method, utilizing the CRISPR/Cas9 system, in combination with PacBio single-molecule real-time (SMRT) long-read sequencing, to study CTG18.1. FECD patient samples displaying a diverse range of CTG18.1 allele lengths and zygosity status (n = 11) were analyzed. A robust data analysis pipeline was developed to effectively filter, align, and interrogate CTG18.1-specific reads. All results were compared with conventional polymerase chain reaction (PCR)-based fragment analysis. Results: CRISPR-guided SMRT sequencing of CTG18.1 provided accurate genotyping information for all samples and phasing was possible for 18/22 alleles sequenced. Repeat length instability was observed for all expanded (&gt;= 50 repeats) phased CTG18.1 alleles analyzed. Furthermore, higher levels of repeat instability were associated with increased CTG18.1 allele length (mode length &gt;= 91 repeats) indicating that expanded alleles behave dynamically. Conclusion: CRISPR-guided SMRT sequencing of CTG18.1 has revealed novel insights into CTG18.1 length instability. Furthermore, this study provides a framework to improve the molecular diagnostic accuracy for CTG18.1-mediated FECD, which we anticipate will become increasingly important as gene-directed therapies are developed for this common age-related and sight threatening disease.

  • Název v anglickém jazyce

    CRISPR/Cas9-targeted enrichment and long-read sequencing of the Fuchs endothelial corneal dystrophy-associated TCF4 triplet repeat

  • Popis výsledku anglicky

    Purpose: To demonstrate the utility of an amplification-free long-read sequencing method to characterize the Fuchs endothelial corneal dystrophy (FECD)-associated intronic TCF4 triplet repeat (CTG18.1). Methods: We applied an amplification-free method, utilizing the CRISPR/Cas9 system, in combination with PacBio single-molecule real-time (SMRT) long-read sequencing, to study CTG18.1. FECD patient samples displaying a diverse range of CTG18.1 allele lengths and zygosity status (n = 11) were analyzed. A robust data analysis pipeline was developed to effectively filter, align, and interrogate CTG18.1-specific reads. All results were compared with conventional polymerase chain reaction (PCR)-based fragment analysis. Results: CRISPR-guided SMRT sequencing of CTG18.1 provided accurate genotyping information for all samples and phasing was possible for 18/22 alleles sequenced. Repeat length instability was observed for all expanded (&gt;= 50 repeats) phased CTG18.1 alleles analyzed. Furthermore, higher levels of repeat instability were associated with increased CTG18.1 allele length (mode length &gt;= 91 repeats) indicating that expanded alleles behave dynamically. Conclusion: CRISPR-guided SMRT sequencing of CTG18.1 has revealed novel insights into CTG18.1 length instability. Furthermore, this study provides a framework to improve the molecular diagnostic accuracy for CTG18.1-mediated FECD, which we anticipate will become increasingly important as gene-directed therapies are developed for this common age-related and sight threatening disease.

Klasifikace

  • Druh

    J<sub>imp</sub> - Článek v periodiku v databázi Web of Science

  • CEP obor

  • OECD FORD obor

    10600 - Biological sciences

Návaznosti výsledku

  • Projekt

    <a href="/cs/project/GA17-12355S" target="_blank" >GA17-12355S: Mechanismy vzniku primárních onemocnění endotelu rohovky</a><br>

  • Návaznosti

    P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Ostatní

  • Rok uplatnění

    2019

  • Kód důvěrnosti údajů

    S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Údaje specifické pro druh výsledku

  • Název periodika

    Genetics in Medicine

  • ISSN

    1098-3600

  • e-ISSN

  • Svazek periodika

    21

  • Číslo periodika v rámci svazku

    9

  • Stát vydavatele periodika

    US - Spojené státy americké

  • Počet stran výsledku

    11

  • Strana od-do

    2092-2102

  • Kód UT WoS článku

    000484400800020

  • EID výsledku v databázi Scopus

    2-s2.0-85061189965