Life time of some RNA products of rDNA intergenic spacer in HeLa cells
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216208%3A11110%2F19%3A10400915" target="_blank" >RIV/00216208:11110/19:10400915 - isvavai.cz</a>
Výsledek na webu
<a href="https://verso.is.cuni.cz/pub/verso.fpl?fname=obd_publikace_handle&handle=hz0aasD9RR" target="_blank" >https://verso.is.cuni.cz/pub/verso.fpl?fname=obd_publikace_handle&handle=hz0aasD9RR</a>
DOI - Digital Object Identifier
<a href="http://dx.doi.org/10.1007/s00418-019-01804-5" target="_blank" >10.1007/s00418-019-01804-5</a>
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
angličtina
Název v původním jazyce
Life time of some RNA products of rDNA intergenic spacer in HeLa cells
Popis výsledku v původním jazyce
In human cells, the intergenic spacers (IGS), which separate ribosomal genes, are complex approximately 30 kb-long loci. Recent studies indicate that all, or almost all, parts of IGS may be transcribed, and that at least some of them are involved in the regulation of the ribosomal DNA (rDNA) transcription, maintenance of the nucleolar architecture, and response of the cell nucleus to stress. However, since each cell contains hundreds not quite identical copies of IGS, the structure and functions of this locus remain poorly understood, and the dynamics of its products has not been specially studied. In this work, we used quantitative PCR to measure the expression levels of various rDNA regions at different times after inhibition of the transcription by Actinomycin D applied in high doses. This approach allowed us to measure real or extrapolated half-life times of some IGS loci. Our study reveals characteristic dynamic patterns suggestive of various pathways of RNA utilization and decay.
Název v anglickém jazyce
Life time of some RNA products of rDNA intergenic spacer in HeLa cells
Popis výsledku anglicky
In human cells, the intergenic spacers (IGS), which separate ribosomal genes, are complex approximately 30 kb-long loci. Recent studies indicate that all, or almost all, parts of IGS may be transcribed, and that at least some of them are involved in the regulation of the ribosomal DNA (rDNA) transcription, maintenance of the nucleolar architecture, and response of the cell nucleus to stress. However, since each cell contains hundreds not quite identical copies of IGS, the structure and functions of this locus remain poorly understood, and the dynamics of its products has not been specially studied. In this work, we used quantitative PCR to measure the expression levels of various rDNA regions at different times after inhibition of the transcription by Actinomycin D applied in high doses. This approach allowed us to measure real or extrapolated half-life times of some IGS loci. Our study reveals characteristic dynamic patterns suggestive of various pathways of RNA utilization and decay.
Klasifikace
Druh
J<sub>imp</sub> - Článek v periodiku v databázi Web of Science
CEP obor
—
OECD FORD obor
10601 - Cell biology
Návaznosti výsledku
Projekt
Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.
Návaznosti
P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)
Ostatní
Rok uplatnění
2019
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Údaje specifické pro druh výsledku
Název periodika
Histochemistry and Cell Biology
ISSN
0948-6143
e-ISSN
—
Svazek periodika
152
Číslo periodika v rámci svazku
4
Stát vydavatele periodika
DE - Spolková republika Německo
Počet stran výsledku
10
Strana od-do
271-280
Kód UT WoS článku
000490007500003
EID výsledku v databázi Scopus
2-s2.0-85069724376