Development and Technical Validation of the Clinical Lymphoma Exploration and Research Sequencing (CLEARS) Panel and Its Optimization for ctDNA Analysis
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216208%3A11110%2F25%3A10513991" target="_blank" >RIV/00216208:11110/25:10513991 - isvavai.cz</a>
Nalezeny alternativní kódy
RIV/00064165:_____/25:10513991
Výsledek na webu
<a href="https://verso.is.cuni.cz/pub/verso.fpl?fname=obd_publikace_handle&handle=Lq-uGcu87y" target="_blank" >https://verso.is.cuni.cz/pub/verso.fpl?fname=obd_publikace_handle&handle=Lq-uGcu87y</a>
DOI - Digital Object Identifier
<a href="http://dx.doi.org/10.14712/fb2025.0009" target="_blank" >10.14712/fb2025.0009</a>
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
angličtina
Název v původním jazyce
Development and Technical Validation of the Clinical Lymphoma Exploration and Research Sequencing (CLEARS) Panel and Its Optimization for ctDNA Analysis
Popis výsledku v původním jazyce
Circulating tumour DNA (ctDNA) is a potential biomarker for the assessment of prognosis and treatment response in lymphoma patients. However, there is still a lack of standardization of ctDNA analysis. Here, we present the development of our Clinical Lymphoma Exploration And Research Sequencing (CLEARS) panel for cancer personalized profiling by deep sequencing (CAPP-Seq), together with optimization of sequencing library preparation for ctDNA analysis. The CLEARS panel targets coding sequences of 521 genes most frequently altered in lymphomas, with its main purpose to analyse ctDNA. We tested its performance, determined the optimal workflow for cell-free DNA (cfDNA) pre-capture sample library preparation, and confirmed our ability to achieve sufficient variant allele frequency detection limit for baseline ctDNA evaluation. Reported technical considerations and optimization results could further help standardize preparation of sequencing libraries from cfDNA samples.
Název v anglickém jazyce
Development and Technical Validation of the Clinical Lymphoma Exploration and Research Sequencing (CLEARS) Panel and Its Optimization for ctDNA Analysis
Popis výsledku anglicky
Circulating tumour DNA (ctDNA) is a potential biomarker for the assessment of prognosis and treatment response in lymphoma patients. However, there is still a lack of standardization of ctDNA analysis. Here, we present the development of our Clinical Lymphoma Exploration And Research Sequencing (CLEARS) panel for cancer personalized profiling by deep sequencing (CAPP-Seq), together with optimization of sequencing library preparation for ctDNA analysis. The CLEARS panel targets coding sequences of 521 genes most frequently altered in lymphomas, with its main purpose to analyse ctDNA. We tested its performance, determined the optimal workflow for cell-free DNA (cfDNA) pre-capture sample library preparation, and confirmed our ability to achieve sufficient variant allele frequency detection limit for baseline ctDNA evaluation. Reported technical considerations and optimization results could further help standardize preparation of sequencing libraries from cfDNA samples.
Klasifikace
Druh
J<sub>imp</sub> - Článek v periodiku v databázi Web of Science
CEP obor
—
OECD FORD obor
30204 - Oncology
Návaznosti výsledku
Projekt
Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.
Návaznosti
P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)
Ostatní
Rok uplatnění
2025
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Údaje specifické pro druh výsledku
Název periodika
Folia Biologica
ISSN
0015-5500
e-ISSN
2533-7602
Svazek periodika
71
Číslo periodika v rámci svazku
5-6
Stát vydavatele periodika
CZ - Česká republika
Počet stran výsledku
12
Strana od-do
244-255
Kód UT WoS článku
001702276100005
EID výsledku v databázi Scopus
2-s2.0-105031747292