Komplexita : software pro lingvistické analýzy genetických sekvencí

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216208%3A11310%2F10%3A10081249" target="_blank" >RIV/00216208:11310/10:10081249 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

čeština

Název v původním jazyce

Komplexita : software pro lingvistické analýzy genetických sekvencí

Popis výsledku v původním jazyce

Bioinformatický program umožňující analýzy genetických sekvencí na základě matematických lingvistických metod, které jsou alternativním bioinformatickým nástrojem pro kvalitativní analýzu genetických sekvencí. Program pracuje se sekvencemi nukleotidů nebo proteinů ve standardních bioinformatických formátech. Umožňuje rozklad textu na potenciální slova délky n. (tzv. Shannonovské n-gramy) a jejich následné statistické zpracování. Program dále nabízí výpočty lingvistických charakteristik jako Shannonova entropie, lingvistická komplexita, lingvistická komplexita dle E.N. Trifonova, markovský model entropie, Wootton - Federhenův index. Mimo tyto základní funkce program umožňuje detekci potenciálně amfipatických peptidů v proteinech, náhodný výběr vzorku zvolené délky, filtraci sekvencí na základě zvolených parametrů a porovnání s náhodným modelem pomocí simulací Monte- Carlo. Program je zveřejněn v anglické verzi, manuál je dostupný v češtině i v angličtině.

Název v anglickém jazyce

Complexity: Software tools for linguistic based analysis of genetic sequences

Popis výsledku anglicky

The program "Complexity" provides analysis of genetic sequences based on mathematic linguistic methods, which are an alternative bioinformatics tools for qualitative analysis of genetic sequences. The program deals with nucleotide and protein sequences in standard bioinformatics formats and provides decomposition of the sequence into potential "words" of length n (so called Shannon's n-grams) and their subsequent statistical analysis. The program provides linguistic measures such as linguistic complexity, linguistic complexity suggested by E.N. Trifonov, Shannon's entropy, Markov's model of entropy and Wootton -Federhen index. There are also other functions, which enable detection of potentially amphipathic peptides in proteins, random selections of given size from investigated text, filtration of the repetitiveness in sequences, comparison with random model using Monte Carlo simulations. Software is available in English version with manual.

Druh

R - Software

CEP obor

EB - Genetika a molekulární biologie

OECD FORD obor

—

Projekt

—

Návaznosti

Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)

Rok uplatnění

2010

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Interní identifikační kód produktu

Com_G.1.1

Technické parametry

http://web.natur.cuni.cz/filosof/index.php/cs/clenove/362-zemkova.html

Ekonomické parametry

Software výrazně usnadňuje a zrychluje výpočty a operace s genetickými sekvencemi, které by byly bez programu prakticky neproveditelné. Tyto lingvistické výpočetní nástroje nejsou v takto kompaktní podobě součástí žádného veřejně dostupného softwaru.

IČO vlastníka výsledku

00216208

Název vlastníka

Přírodovědecká fakulta Univerzity Karlovy v Praze