Towards a better understanding of the specificity of protein-protein interaction
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216208%3A11310%2F12%3A10133499" target="_blank" >RIV/00216208:11310/12:10133499 - isvavai.cz</a>
Nalezeny alternativní kódy
RIV/86652036:_____/12:00385763 RIV/61388963:_____/12:00385763
Výsledek na webu
<a href="http://dx.doi.org/10.1002/jmr.2219" target="_blank" >http://dx.doi.org/10.1002/jmr.2219</a>
DOI - Digital Object Identifier
<a href="http://dx.doi.org/10.1002/jmr.2219" target="_blank" >10.1002/jmr.2219</a>
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
angličtina
Název v původním jazyce
Towards a better understanding of the specificity of protein-protein interaction
Popis výsledku v původním jazyce
In order to predict interaction interface for proteins, it is crucial to identify their characteristic features controlling the interaction process. We present analysis of 69 crystal structures of dimer protein complexes that provides a basis for reasonable description of the phenomenon. Interaction interfaces of two proteins at amino acids level were localized and described in terms of their chemical composition, binding preferences, and residue interaction energies utilizing Amber empirical force field. The characteristic properties of the interaction interface were compared against set of corresponding intramolecular binding parameters for amino acids in proteins. It has been found that geometrically distinct clusters of large hydrophobic amino acids (leucine, valine, isoleucine, and phenylalanine) as well as polar tyrosines and charged arginines are signatures of the proteinprotein interaction interface. At some extent, we can generalize that proteinprotein interaction (seen throug
Název v anglickém jazyce
Towards a better understanding of the specificity of protein-protein interaction
Popis výsledku anglicky
In order to predict interaction interface for proteins, it is crucial to identify their characteristic features controlling the interaction process. We present analysis of 69 crystal structures of dimer protein complexes that provides a basis for reasonable description of the phenomenon. Interaction interfaces of two proteins at amino acids level were localized and described in terms of their chemical composition, binding preferences, and residue interaction energies utilizing Amber empirical force field. The characteristic properties of the interaction interface were compared against set of corresponding intramolecular binding parameters for amino acids in proteins. It has been found that geometrically distinct clusters of large hydrophobic amino acids (leucine, valine, isoleucine, and phenylalanine) as well as polar tyrosines and charged arginines are signatures of the proteinprotein interaction interface. At some extent, we can generalize that proteinprotein interaction (seen throug
Klasifikace
Druh
J<sub>x</sub> - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)
CEP obor
BO - Biofyzika
OECD FORD obor
—
Návaznosti výsledku
Projekt
Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.
Návaznosti
P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace
Ostatní
Rok uplatnění
2012
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Údaje specifické pro druh výsledku
Název periodika
Journal of Molecular Recognition
ISSN
0952-3499
e-ISSN
—
Svazek periodika
25
Číslo periodika v rámci svazku
11
Stát vydavatele periodika
US - Spojené státy americké
Počet stran výsledku
12
Strana od-do
604-615
Kód UT WoS článku
000310555100011
EID výsledku v databázi Scopus
—