Vše

Co hledáte?

Vše
Projekty
Výsledky výzkumu
Subjekty

Rychlé hledání

  • Projekty podpořené TA ČR
  • Významné projekty
  • Projekty s nejvyšší státní podporou
  • Aktuálně běžící projekty

Chytré vyhledávání

  • Takto najdu konkrétní +slovo
  • Takto z výsledků -slovo zcela vynechám
  • “Takto můžu najít celou frázi”

On the Association of the Base Pairs on the Silica Surface Based on Free Energy Biased Molecular Dynamics Simulation and Quantum Mechanical Calculations

Identifikátory výsledku

  • Kód výsledku v IS VaVaI

    <a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216208%3A11310%2F13%3A10191787" target="_blank" >RIV/00216208:11310/13:10191787 - isvavai.cz</a>

  • Nalezeny alternativní kódy

    RIV/61388963:_____/13:00394209 RIV/61989592:15310/13:33148130 RIV/60461373:22330/13:43896533

  • Výsledek na webu

    <a href="http://dx.doi.org/10.1021/jp400198h" target="_blank" >http://dx.doi.org/10.1021/jp400198h</a>

  • DOI - Digital Object Identifier

    <a href="http://dx.doi.org/10.1021/jp400198h" target="_blank" >10.1021/jp400198h</a>

Alternativní jazyky

  • Jazyk výsledku

    angličtina

  • Název v původním jazyce

    On the Association of the Base Pairs on the Silica Surface Based on Free Energy Biased Molecular Dynamics Simulation and Quantum Mechanical Calculations

  • Popis výsledku v původním jazyce

    The adsorption of the DNA bases and base pairs on the hydrophobic silica surface has been investigated by ab initio quantum mechanical (QM) methods (DFT-D) and molecular mechanics (MM) and also by biased molecular dynamics (MD) simulations (metadynamics). The structures of all the clusters (surface with single-bases and base pairs) predicted by means of the force field are compared with the results of direct QM calculations. The MM interaction energies for all clusters agreed well with the QM ones, which justifies the use of MM methods in the evaluation of accurate adsorption free energies. Rigid rotor-harmonic oscillator-ideal gas (RR-HO-IG) calculations based on QM and MM entropies as well as biased metadynamics (MTD) simulations based on MM demonstrated that mA-mT (Adenine-Thymine) and mG-mC (Guanine-Cytosine) base pairs are adsorbed on a fully solvated silica surface in different H-bonded forms. Both QM and MM techniques convincingly demonstrated that adsorptions of any H-bonded (W

  • Název v anglickém jazyce

    On the Association of the Base Pairs on the Silica Surface Based on Free Energy Biased Molecular Dynamics Simulation and Quantum Mechanical Calculations

  • Popis výsledku anglicky

    The adsorption of the DNA bases and base pairs on the hydrophobic silica surface has been investigated by ab initio quantum mechanical (QM) methods (DFT-D) and molecular mechanics (MM) and also by biased molecular dynamics (MD) simulations (metadynamics). The structures of all the clusters (surface with single-bases and base pairs) predicted by means of the force field are compared with the results of direct QM calculations. The MM interaction energies for all clusters agreed well with the QM ones, which justifies the use of MM methods in the evaluation of accurate adsorption free energies. Rigid rotor-harmonic oscillator-ideal gas (RR-HO-IG) calculations based on QM and MM entropies as well as biased metadynamics (MTD) simulations based on MM demonstrated that mA-mT (Adenine-Thymine) and mG-mC (Guanine-Cytosine) base pairs are adsorbed on a fully solvated silica surface in different H-bonded forms. Both QM and MM techniques convincingly demonstrated that adsorptions of any H-bonded (W

Klasifikace

  • Druh

    J<sub>x</sub> - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)

  • CEP obor

    CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie

  • OECD FORD obor

Návaznosti výsledku

  • Projekt

    Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.

  • Návaznosti

    I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace

Ostatní

  • Rok uplatnění

    2013

  • Kód důvěrnosti údajů

    S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Údaje specifické pro druh výsledku

  • Název periodika

    Journal of Physical Chemistry C

  • ISSN

    1932-7447

  • e-ISSN

  • Svazek periodika

    117

  • Číslo periodika v rámci svazku

    21

  • Stát vydavatele periodika

    NL - Nizozemsko

  • Počet stran výsledku

    10

  • Strana od-do

    11066-11075

  • Kód UT WoS článku

    000319896700022

  • EID výsledku v databázi Scopus