Dissecting a Hidden Gene Duplication: The Arabidopsis thaliana SEC10 Locus
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216208%3A11310%2F14%3A10281647" target="_blank" >RIV/00216208:11310/14:10281647 - isvavai.cz</a>
Nalezeny alternativní kódy
RIV/61389030:_____/14:00429536 RIV/61988987:17310/14:A1501CH3
Výsledek na webu
<a href="http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0094077" target="_blank" >http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0094077</a>
DOI - Digital Object Identifier
<a href="http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0094077" target="_blank" >10.1371/journal.pone.0094077</a>
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
angličtina
Název v původním jazyce
Dissecting a Hidden Gene Duplication: The Arabidopsis thaliana SEC10 Locus
Popis výsledku v původním jazyce
Repetitive sequences present a challenge for genome sequence assembly, and highly similar segmental duplications may disappear from assembled genome sequences. Having found a surprising lack of observable phenotypic deviations and non-Mendelian segregation in Arabidopsis thaliana mutants in SEC10, a gene encoding a core subunit of the exocyst tethering complex, we examined whether this could be explained by a hidden gene duplication. Re-sequencing and manual assembly of the Arabidopsis thaliana SEC10 (At5g12370) locus revealed that this locus, comprising a single gene in the reference genome assembly, indeed contains two paralogous genes in tandem, SEC10a and SEC10b, and that a sequence segment of 7 kb in length is missing from the reference genome sequence. Differences between the two paralogs are concentrated in non-coding regions, while the predicted protein sequences exhibit 99% identity, differing only by substitution of five amino acid residues and an indel of four residues. Both
Název v anglickém jazyce
Dissecting a Hidden Gene Duplication: The Arabidopsis thaliana SEC10 Locus
Popis výsledku anglicky
Repetitive sequences present a challenge for genome sequence assembly, and highly similar segmental duplications may disappear from assembled genome sequences. Having found a surprising lack of observable phenotypic deviations and non-Mendelian segregation in Arabidopsis thaliana mutants in SEC10, a gene encoding a core subunit of the exocyst tethering complex, we examined whether this could be explained by a hidden gene duplication. Re-sequencing and manual assembly of the Arabidopsis thaliana SEC10 (At5g12370) locus revealed that this locus, comprising a single gene in the reference genome assembly, indeed contains two paralogous genes in tandem, SEC10a and SEC10b, and that a sequence segment of 7 kb in length is missing from the reference genome sequence. Differences between the two paralogs are concentrated in non-coding regions, while the predicted protein sequences exhibit 99% identity, differing only by substitution of five amino acid residues and an indel of four residues. Both
Klasifikace
Druh
J<sub>x</sub> - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)
CEP obor
EB - Genetika a molekulární biologie
OECD FORD obor
—
Návaznosti výsledku
Projekt
Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.
Návaznosti
P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)<br>I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace
Ostatní
Rok uplatnění
2014
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Údaje specifické pro druh výsledku
Název periodika
PLoS ONE
ISSN
1932-6203
e-ISSN
—
Svazek periodika
9
Číslo periodika v rámci svazku
4
Stát vydavatele periodika
US - Spojené státy americké
Počet stran výsledku
9
Strana od-do
—
Kód UT WoS článku
000336736200036
EID výsledku v databázi Scopus
—