Vše

Co hledáte?

Vše
Projekty
Výsledky výzkumu
Subjekty

Rychlé hledání

  • Projekty podpořené TA ČR
  • Významné projekty
  • Projekty s nejvyšší státní podporou
  • Aktuálně běžící projekty

Chytré vyhledávání

  • Takto najdu konkrétní +slovo
  • Takto z výsledků -slovo zcela vynechám
  • “Takto můžu najít celou frázi”

Flexible docking-based molecular dynamics/steered molecular dynamics calculations of protein-protein contacts in a complex of cytochrome P450 1A2 with cytochrome b5

Identifikátory výsledku

  • Kód výsledku v IS VaVaI

    <a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216208%3A11310%2F14%3A10283264" target="_blank" >RIV/00216208:11310/14:10283264 - isvavai.cz</a>

  • Výsledek na webu

    <a href="http://dx.doi.org/10.1021/bi500814t" target="_blank" >http://dx.doi.org/10.1021/bi500814t</a>

  • DOI - Digital Object Identifier

    <a href="http://dx.doi.org/10.1021/bi500814t" target="_blank" >10.1021/bi500814t</a>

Alternativní jazyky

  • Jazyk výsledku

    angličtina

  • Název v původním jazyce

    Flexible docking-based molecular dynamics/steered molecular dynamics calculations of protein-protein contacts in a complex of cytochrome P450 1A2 with cytochrome b5

  • Popis výsledku v původním jazyce

    Formation of transient complexes of cytochrome P450 (P450) with another protein of the endoplasmic reticulum membrane, cytochrome b5 (cyt b5), dictates the catalytic activities of several P450s. Therefore, we examined formation and binding modes of the complex of human P450 1A2 with cyt b5. Docking of soluble domains of these proteins was performed using an information-driven flexible docking approach implemented in HADDOCK. Stabilities of the five unique binding modes of the P450 1A2-cyt b5 complex yielded by HADDOCK were evaluated using explicit 10 ns molecular dynamics (MD) simulations in aqueous solution. Further, steered MD was used to compare the stability of the individual P450 1A2-cyt b5 binding modes. The best binding mode was characterized bya T-shaped mutual orientation of the porphyrin rings and a 10.7 ? distance between the two redox centers, thus satisfying the condition for a fast electron transfer. Mutagenesis studies and chemical cross-linking, which, in the absence o

  • Název v anglickém jazyce

    Flexible docking-based molecular dynamics/steered molecular dynamics calculations of protein-protein contacts in a complex of cytochrome P450 1A2 with cytochrome b5

  • Popis výsledku anglicky

    Formation of transient complexes of cytochrome P450 (P450) with another protein of the endoplasmic reticulum membrane, cytochrome b5 (cyt b5), dictates the catalytic activities of several P450s. Therefore, we examined formation and binding modes of the complex of human P450 1A2 with cyt b5. Docking of soluble domains of these proteins was performed using an information-driven flexible docking approach implemented in HADDOCK. Stabilities of the five unique binding modes of the P450 1A2-cyt b5 complex yielded by HADDOCK were evaluated using explicit 10 ns molecular dynamics (MD) simulations in aqueous solution. Further, steered MD was used to compare the stability of the individual P450 1A2-cyt b5 binding modes. The best binding mode was characterized bya T-shaped mutual orientation of the porphyrin rings and a 10.7 ? distance between the two redox centers, thus satisfying the condition for a fast electron transfer. Mutagenesis studies and chemical cross-linking, which, in the absence o

Klasifikace

  • Druh

    J<sub>x</sub> - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)

  • CEP obor

    CE - Biochemie

  • OECD FORD obor

Návaznosti výsledku

  • Projekt

    <a href="/cs/project/GA14-18344S" target="_blank" >GA14-18344S: Vývoj nanočástic obsahujících cytostatika a enzymy pro zlepšení chemotherapie lidských neuroblastomů a studium mechanismu jejich působení</a><br>

  • Návaznosti

    I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace

Ostatní

  • Rok uplatnění

    2014

  • Kód důvěrnosti údajů

    S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Údaje specifické pro druh výsledku

  • Název periodika

    Biochemistry

  • ISSN

    0006-2960

  • e-ISSN

  • Svazek periodika

    53

  • Číslo periodika v rámci svazku

    42

  • Stát vydavatele periodika

    US - Spojené státy americké

  • Počet stran výsledku

    11

  • Strana od-do

    6695-6705

  • Kód UT WoS článku

    000343949800008

  • EID výsledku v databázi Scopus