Flexible docking-based molecular dynamics/steered molecular dynamics calculations of protein-protein contacts in a complex of cytochrome P450 1A2 with cytochrome b5
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216208%3A11310%2F14%3A10283264" target="_blank" >RIV/00216208:11310/14:10283264 - isvavai.cz</a>
Výsledek na webu
<a href="http://dx.doi.org/10.1021/bi500814t" target="_blank" >http://dx.doi.org/10.1021/bi500814t</a>
DOI - Digital Object Identifier
<a href="http://dx.doi.org/10.1021/bi500814t" target="_blank" >10.1021/bi500814t</a>
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
angličtina
Název v původním jazyce
Flexible docking-based molecular dynamics/steered molecular dynamics calculations of protein-protein contacts in a complex of cytochrome P450 1A2 with cytochrome b5
Popis výsledku v původním jazyce
Formation of transient complexes of cytochrome P450 (P450) with another protein of the endoplasmic reticulum membrane, cytochrome b5 (cyt b5), dictates the catalytic activities of several P450s. Therefore, we examined formation and binding modes of the complex of human P450 1A2 with cyt b5. Docking of soluble domains of these proteins was performed using an information-driven flexible docking approach implemented in HADDOCK. Stabilities of the five unique binding modes of the P450 1A2-cyt b5 complex yielded by HADDOCK were evaluated using explicit 10 ns molecular dynamics (MD) simulations in aqueous solution. Further, steered MD was used to compare the stability of the individual P450 1A2-cyt b5 binding modes. The best binding mode was characterized bya T-shaped mutual orientation of the porphyrin rings and a 10.7 ? distance between the two redox centers, thus satisfying the condition for a fast electron transfer. Mutagenesis studies and chemical cross-linking, which, in the absence o
Název v anglickém jazyce
Flexible docking-based molecular dynamics/steered molecular dynamics calculations of protein-protein contacts in a complex of cytochrome P450 1A2 with cytochrome b5
Popis výsledku anglicky
Formation of transient complexes of cytochrome P450 (P450) with another protein of the endoplasmic reticulum membrane, cytochrome b5 (cyt b5), dictates the catalytic activities of several P450s. Therefore, we examined formation and binding modes of the complex of human P450 1A2 with cyt b5. Docking of soluble domains of these proteins was performed using an information-driven flexible docking approach implemented in HADDOCK. Stabilities of the five unique binding modes of the P450 1A2-cyt b5 complex yielded by HADDOCK were evaluated using explicit 10 ns molecular dynamics (MD) simulations in aqueous solution. Further, steered MD was used to compare the stability of the individual P450 1A2-cyt b5 binding modes. The best binding mode was characterized bya T-shaped mutual orientation of the porphyrin rings and a 10.7 ? distance between the two redox centers, thus satisfying the condition for a fast electron transfer. Mutagenesis studies and chemical cross-linking, which, in the absence o
Klasifikace
Druh
J<sub>x</sub> - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)
CEP obor
CE - Biochemie
OECD FORD obor
—
Návaznosti výsledku
Projekt
<a href="/cs/project/GA14-18344S" target="_blank" >GA14-18344S: Vývoj nanočástic obsahujících cytostatika a enzymy pro zlepšení chemotherapie lidských neuroblastomů a studium mechanismu jejich působení</a><br>
Návaznosti
I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace
Ostatní
Rok uplatnění
2014
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Údaje specifické pro druh výsledku
Název periodika
Biochemistry
ISSN
0006-2960
e-ISSN
—
Svazek periodika
53
Číslo periodika v rámci svazku
42
Stát vydavatele periodika
US - Spojené státy americké
Počet stran výsledku
11
Strana od-do
6695-6705
Kód UT WoS článku
000343949800008
EID výsledku v databázi Scopus
—