A plant biologists' guide to phylogenetic analysis of biological macromolecule sequences
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216208%3A11310%2F16%3A10337580" target="_blank" >RIV/00216208:11310/16:10337580 - isvavai.cz</a>
Výsledek na webu
<a href="http://dx.doi.org/10.1007/s10535-016-0649-8" target="_blank" >http://dx.doi.org/10.1007/s10535-016-0649-8</a>
DOI - Digital Object Identifier
<a href="http://dx.doi.org/10.1007/s10535-016-0649-8" target="_blank" >10.1007/s10535-016-0649-8</a>
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
angličtina
Název v původním jazyce
A plant biologists' guide to phylogenetic analysis of biological macromolecule sequences
Popis výsledku v původním jazyce
Phylogenetic analysis has become a common step in characterization of gene and protein sequences. However, despite the availability of numerous affordable and more-or-less intuitive software tools, construction of biologically relevant, informative phylogenetic trees remains a process involving several critical steps that are inherently non-algorithmic, i.e., dependent on decisions made by the user. These steps involve, but are not limited to, setting the aims of the phylogenetic study, choosing sequences to be analyzed, and selecting methods employed in sequence alignment construction, as well as algorithms and parameters used to construct the actual phylogenetic tree. This review aims towards providing guidance for these decisions, as well as illustrating common pitfalls and problems occurring during phylogenetic analysis of plant gene sequences.
Název v anglickém jazyce
A plant biologists' guide to phylogenetic analysis of biological macromolecule sequences
Popis výsledku anglicky
Phylogenetic analysis has become a common step in characterization of gene and protein sequences. However, despite the availability of numerous affordable and more-or-less intuitive software tools, construction of biologically relevant, informative phylogenetic trees remains a process involving several critical steps that are inherently non-algorithmic, i.e., dependent on decisions made by the user. These steps involve, but are not limited to, setting the aims of the phylogenetic study, choosing sequences to be analyzed, and selecting methods employed in sequence alignment construction, as well as algorithms and parameters used to construct the actual phylogenetic tree. This review aims towards providing guidance for these decisions, as well as illustrating common pitfalls and problems occurring during phylogenetic analysis of plant gene sequences.
Klasifikace
Druh
J<sub>x</sub> - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)
CEP obor
ED - Fyziologie
OECD FORD obor
—
Návaznosti výsledku
Projekt
<a href="/cs/project/LO1417" target="_blank" >LO1417: Centrum experimentální biologie rostlin UK</a><br>
Návaznosti
P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)
Ostatní
Rok uplatnění
2016
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Údaje specifické pro druh výsledku
Název periodika
Biologia Plantarum
ISSN
0006-3134
e-ISSN
—
Svazek periodika
60
Číslo periodika v rámci svazku
4
Stát vydavatele periodika
NL - Nizozemsko
Počet stran výsledku
9
Strana od-do
619-627
Kód UT WoS článku
000392128700002
EID výsledku v databázi Scopus
2-s2.0-84989172173