Vše

Co hledáte?

Vše
Projekty
Výsledky výzkumu
Subjekty

Rychlé hledání

  • Projekty podpořené TA ČR
  • Významné projekty
  • Projekty s nejvyšší státní podporou
  • Aktuálně běžící projekty

Chytré vyhledávání

  • Takto najdu konkrétní +slovo
  • Takto z výsledků -slovo zcela vynechám
  • “Takto můžu najít celou frázi”

Side-chain loss reactions of collisionally activated protonated peptoids: A mechanistic insight

Identifikátory výsledku

  • Kód výsledku v IS VaVaI

    <a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216208%3A11310%2F19%3A10394766" target="_blank" >RIV/00216208:11310/19:10394766 - isvavai.cz</a>

  • Výsledek na webu

    <a href="https://verso.is.cuni.cz/pub/verso.fpl?fname=obd_publikace_handle&handle=Vci5ZQPo.d" target="_blank" >https://verso.is.cuni.cz/pub/verso.fpl?fname=obd_publikace_handle&handle=Vci5ZQPo.d</a>

  • DOI - Digital Object Identifier

    <a href="http://dx.doi.org/10.1016/j.ijms.2018.10.032" target="_blank" >10.1016/j.ijms.2018.10.032</a>

Alternativní jazyky

  • Jazyk výsledku

    angličtina

  • Název v původním jazyce

    Side-chain loss reactions of collisionally activated protonated peptoids: A mechanistic insight

  • Popis výsledku v původním jazyce

    Peptoids constitute an emergent class of synthetic biocompatible macromolecules that are best described as polymers of N-substituted glycines. Peptides and peptoids are regioisomers with the side chains appended in peptoids to the nitrogen atoms rather than to the alpha-carbon atoms as in peptides. Peptide sequencing now takes great advantage of collision-induced dissociation experiments, based on the elucidation of the decomposition pathways of protonated peptides. In contrast, data on peptoid ion decompositions are to date scarcely present in the literature. Upon CID, protonated peptoids were recently shown to mostly dissociate by cleavages at the backbone amide bonds yielding B- and Y-fragment ions. In addition, the loss of the side-chain group and/or the formation of the side-chain fragment ion are common reactions for peptoids containing protonated N-alpha-aromatic side chain. In the present paper, we submitted protonated tailor-made peptoids to (energy-resolved) collision-induced dissociation experiments to investigate the side-chain loss reaction mechanisms. We also used orthogonal methods, such as quantum chemistry, ion mobility spectrometry and infrared photodissociation spectroscopy to establish the structures of the fragment ions. We ended up with different mechanistic scenarios consistent with the nature of the fragment ions and the kinetic energy dependence of decomposition reactions. Our mechanistic proposals associate the proton mobile model, proton bound dimer intermediacy and concerted rearrangement reactions.

  • Název v anglickém jazyce

    Side-chain loss reactions of collisionally activated protonated peptoids: A mechanistic insight

  • Popis výsledku anglicky

    Peptoids constitute an emergent class of synthetic biocompatible macromolecules that are best described as polymers of N-substituted glycines. Peptides and peptoids are regioisomers with the side chains appended in peptoids to the nitrogen atoms rather than to the alpha-carbon atoms as in peptides. Peptide sequencing now takes great advantage of collision-induced dissociation experiments, based on the elucidation of the decomposition pathways of protonated peptides. In contrast, data on peptoid ion decompositions are to date scarcely present in the literature. Upon CID, protonated peptoids were recently shown to mostly dissociate by cleavages at the backbone amide bonds yielding B- and Y-fragment ions. In addition, the loss of the side-chain group and/or the formation of the side-chain fragment ion are common reactions for peptoids containing protonated N-alpha-aromatic side chain. In the present paper, we submitted protonated tailor-made peptoids to (energy-resolved) collision-induced dissociation experiments to investigate the side-chain loss reaction mechanisms. We also used orthogonal methods, such as quantum chemistry, ion mobility spectrometry and infrared photodissociation spectroscopy to establish the structures of the fragment ions. We ended up with different mechanistic scenarios consistent with the nature of the fragment ions and the kinetic energy dependence of decomposition reactions. Our mechanistic proposals associate the proton mobile model, proton bound dimer intermediacy and concerted rearrangement reactions.

Klasifikace

  • Druh

    J<sub>imp</sub> - Článek v periodiku v databázi Web of Science

  • CEP obor

  • OECD FORD obor

    10403 - Physical chemistry

Návaznosti výsledku

  • Projekt

  • Návaznosti

    I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace

Ostatní

  • Rok uplatnění

    2019

  • Kód důvěrnosti údajů

    S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Údaje specifické pro druh výsledku

  • Název periodika

    International Journal of Mass Spectrometry

  • ISSN

    1387-3806

  • e-ISSN

  • Svazek periodika

    435

  • Číslo periodika v rámci svazku

    January

  • Stát vydavatele periodika

    NL - Nizozemsko

  • Počet stran výsledku

    10

  • Strana od-do

    217-226

  • Kód UT WoS článku

    000453773300029

  • EID výsledku v databázi Scopus

    2-s2.0-85056227033