Population Genomic Analysis of Diploid-Autopolyploid Species
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216208%3A11310%2F23%3A10477453" target="_blank" >RIV/00216208:11310/23:10477453 - isvavai.cz</a>
Výsledek na webu
<a href="https://doi.org/10.1007/978-1-0716-2561-3_16" target="_blank" >https://doi.org/10.1007/978-1-0716-2561-3_16</a>
DOI - Digital Object Identifier
<a href="http://dx.doi.org/10.1007/978-1-0716-2561-3_16" target="_blank" >10.1007/978-1-0716-2561-3_16</a>
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
angličtina
Název v původním jazyce
Population Genomic Analysis of Diploid-Autopolyploid Species
Popis výsledku v původním jazyce
This chapter outlines an empirical analysis of genome-wide single-nucleotide polymorphism (SNP) variation and its underlying drivers among multiple natural populations within a diploid-autopolyploid species.The aim is to reconstruct the genetic structure among natural populations of varying ploidy and infer footprints of selection in these populations, framed around specific questions that are typically encountered when analyzing a mixed-ploidy data set,e.g., addressing the relevance of natural whole-genome duplication for speciation and adaptation. We briefly review the options for the analysis of polyploid population genomic data involving variant calling, population structure, demographic history inference, and selection scanning approaches. Further, we provide suggestions for methods and associated software, possible caveats, and examples of their application to mixed-ploidy and autopolyploid data sets.
Název v anglickém jazyce
Population Genomic Analysis of Diploid-Autopolyploid Species
Popis výsledku anglicky
This chapter outlines an empirical analysis of genome-wide single-nucleotide polymorphism (SNP) variation and its underlying drivers among multiple natural populations within a diploid-autopolyploid species.The aim is to reconstruct the genetic structure among natural populations of varying ploidy and infer footprints of selection in these populations, framed around specific questions that are typically encountered when analyzing a mixed-ploidy data set,e.g., addressing the relevance of natural whole-genome duplication for speciation and adaptation. We briefly review the options for the analysis of polyploid population genomic data involving variant calling, population structure, demographic history inference, and selection scanning approaches. Further, we provide suggestions for methods and associated software, possible caveats, and examples of their application to mixed-ploidy and autopolyploid data sets.
Klasifikace
Druh
C - Kapitola v odborné knize
CEP obor
—
OECD FORD obor
10611 - Plant sciences, botany
Návaznosti výsledku
Projekt
<a href="/cs/project/GA20-22783S" target="_blank" >GA20-22783S: Genomová duplikace jako nedokonalá speciační bariéra? Evoluční mechanismy a důsledky mezi-ploidní introgrese v přírodních populacích</a><br>
Návaznosti
P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)
Ostatní
Rok uplatnění
2023
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Údaje specifické pro druh výsledku
Název knihy nebo sborníku
Polyploidy: Methods and Protocols
ISBN
978-1-07-162560-6
Počet stran výsledku
28
Strana od-do
297-324
Počet stran knihy
515
Název nakladatele
Humana, New York, NY
Místo vydání
New York
Kód UT WoS kapitoly
001077786900017