On the Parallelization of the SProt Measure and the TM-score Algorithm
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216208%3A11320%2F13%3A10124110" target="_blank" >RIV/00216208:11320/13:10124110 - isvavai.cz</a>
Výsledek na webu
<a href="http://link.springer.com/chapter/10.1007%2F978-3-642-30191-9_18" target="_blank" >http://link.springer.com/chapter/10.1007%2F978-3-642-30191-9_18</a>
DOI - Digital Object Identifier
<a href="http://dx.doi.org/10.1007/978-3-642-36949-0_27" target="_blank" >10.1007/978-3-642-36949-0_27</a>
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
angličtina
Název v původním jazyce
On the Parallelization of the SProt Measure and the TM-score Algorithm
Popis výsledku v původním jazyce
Similarity measures for the protein structures are quite complex and require significant computational time. We propose a parallel approach to this problem to fully exploit the computational power of current CPU architectures. This paper summarizes experience and insights acquired from the parallel implementation of the SProt similarity method, its database access method, and also the wellknown TM-score algorithm. The implementation scales almost inearly with the number of CPUs and achieves 21.4x speedup on a 24-core system. The implementation is currently employed in the web application http://siret.cz/p3s.
Název v anglickém jazyce
On the Parallelization of the SProt Measure and the TM-score Algorithm
Popis výsledku anglicky
Similarity measures for the protein structures are quite complex and require significant computational time. We propose a parallel approach to this problem to fully exploit the computational power of current CPU architectures. This paper summarizes experience and insights acquired from the parallel implementation of the SProt similarity method, its database access method, and also the wellknown TM-score algorithm. The implementation scales almost inearly with the number of CPUs and achieves 21.4x speedup on a 24-core system. The implementation is currently employed in the web application http://siret.cz/p3s.
Klasifikace
Druh
D - Stať ve sborníku
CEP obor
IN - Informatika
OECD FORD obor
—
Návaznosti výsledku
Projekt
<a href="/cs/project/GAP202%2F11%2F0968" target="_blank" >GAP202/11/0968: Podobnostní nemetrické vyhledávání v rozsáhlých komplexních databázích</a><br>
Návaznosti
S - Specificky vyzkum na vysokych skolach
Ostatní
Rok uplatnění
2013
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Údaje specifické pro druh výsledku
Název statě ve sborníku
Euro-Par 2012: Parallel Processing Workshops
ISBN
978-3-642-36948-3
ISSN
0302-9743
e-ISSN
—
Počet stran výsledku
10
Strana od-do
238-247
Název nakladatele
Springer Berlin Heidelberg
Místo vydání
Neuveden
Místo konání akce
Rhodes Island, Greece
Datum konání akce
27. 8. 2012
Typ akce podle státní příslušnosti
WRD - Celosvětová akce
Kód UT WoS článku
—