Formation of a Thymine-Hg-II-Thymine Metal-Mediated DNA Base Pair: Proposal and Theoretical Calculation of the Reaction Pathway
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216208%3A11320%2F13%3A10173462" target="_blank" >RIV/00216208:11320/13:10173462 - isvavai.cz</a>
Nalezeny alternativní kódy
RIV/61388963:_____/13:00394761
Výsledek na webu
<a href="http://dx.doi.org/10.1002/chem.201300460" target="_blank" >http://dx.doi.org/10.1002/chem.201300460</a>
DOI - Digital Object Identifier
<a href="http://dx.doi.org/10.1002/chem.201300460" target="_blank" >10.1002/chem.201300460</a>
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
angličtina
Název v původním jazyce
Formation of a Thymine-Hg-II-Thymine Metal-Mediated DNA Base Pair: Proposal and Theoretical Calculation of the Reaction Pathway
Popis výsledku v původním jazyce
A reaction mechanism that describes the substitution of two imino protons in a thymine:thymine (T:T) mismatched DNA base pair with a Hg-II ion, which results in the formation of a (T)N3-Hg-II-N3(T) metal-mediated base pair was proposed and calculated. The mechanism assumes two key steps: The formation of the first Hg(II)N3(T) bond is triggered by deprotonation of the imino N3 atom in thymine with a hydroxo ligand on the Hg-II ion. The formation of the second Hg(II)N3(T) bond proceeds through water-assisted tautomerization of the remaining, metal-nonbonded thymine base or through thymine deprotonation with a hydroxo ligand of the Hg-II ion already coordinated to the thymine base. The thermodynamic parameters G(R)=-9.5kcalmol(-1), H-R=-4.7kcalmol(-1), and S-R=16.0calmol(-1)K(-1) calculated with the ONIOM (B3LYP:BP86) method for the reaction agreed well with the isothermal titration calorimetric (ITC) measurements by Torigoe etal. [H. Torigoe, A. Ono, T. Kozasa, Chem. Eur. J.2010, 16, 132
Název v anglickém jazyce
Formation of a Thymine-Hg-II-Thymine Metal-Mediated DNA Base Pair: Proposal and Theoretical Calculation of the Reaction Pathway
Popis výsledku anglicky
A reaction mechanism that describes the substitution of two imino protons in a thymine:thymine (T:T) mismatched DNA base pair with a Hg-II ion, which results in the formation of a (T)N3-Hg-II-N3(T) metal-mediated base pair was proposed and calculated. The mechanism assumes two key steps: The formation of the first Hg(II)N3(T) bond is triggered by deprotonation of the imino N3 atom in thymine with a hydroxo ligand on the Hg-II ion. The formation of the second Hg(II)N3(T) bond proceeds through water-assisted tautomerization of the remaining, metal-nonbonded thymine base or through thymine deprotonation with a hydroxo ligand of the Hg-II ion already coordinated to the thymine base. The thermodynamic parameters G(R)=-9.5kcalmol(-1), H-R=-4.7kcalmol(-1), and S-R=16.0calmol(-1)K(-1) calculated with the ONIOM (B3LYP:BP86) method for the reaction agreed well with the isothermal titration calorimetric (ITC) measurements by Torigoe etal. [H. Torigoe, A. Ono, T. Kozasa, Chem. Eur. J.2010, 16, 132
Klasifikace
Druh
J<sub>x</sub> - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)
CEP obor
BJ - Termodynamika
OECD FORD obor
—
Návaznosti výsledku
Projekt
Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.
Návaznosti
P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)
Ostatní
Rok uplatnění
2013
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Údaje specifické pro druh výsledku
Název periodika
Chemistry - A European Journal
ISSN
0947-6539
e-ISSN
—
Svazek periodika
19
Číslo periodika v rámci svazku
30
Stát vydavatele periodika
DE - Spolková republika Německo
Počet stran výsledku
11
Strana od-do
9884-9894
Kód UT WoS článku
000321766400026
EID výsledku v databázi Scopus
—