Vše

Co hledáte?

Vše
Projekty
Výsledky výzkumu
Subjekty

Rychlé hledání

  • Projekty podpořené TA ČR
  • Významné projekty
  • Projekty s nejvyšší státní podporou
  • Aktuálně běžící projekty

Chytré vyhledávání

  • Takto najdu konkrétní +slovo
  • Takto z výsledků -slovo zcela vynechám
  • “Takto můžu najít celou frázi”

MINERVA API and plugins: opening molecular network analysis and visualization to the community

Identifikátory výsledku

  • Kód výsledku v IS VaVaI

    <a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216208%3A11320%2F19%3A10409404" target="_blank" >RIV/00216208:11320/19:10409404 - isvavai.cz</a>

  • Výsledek na webu

    <a href="https://verso.is.cuni.cz/pub/verso.fpl?fname=obd_publikace_handle&handle=aZ1R_6R-VY" target="_blank" >https://verso.is.cuni.cz/pub/verso.fpl?fname=obd_publikace_handle&handle=aZ1R_6R-VY</a>

  • DOI - Digital Object Identifier

    <a href="http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btz286" target="_blank" >10.1093/bioinformatics/btz286</a>

Alternativní jazyky

  • Jazyk výsledku

    angličtina

  • Název v původním jazyce

    MINERVA API and plugins: opening molecular network analysis and visualization to the community

  • Popis výsledku v původním jazyce

    The complexity of molecular networks makes them difficult to navigate and interpret, creating a need for specialized software. MINERVA is a web platform for visualization, exploration and management of molecular networks. Here, we introduce an extension to MINERVA architecture that greatly facilitates the access and use of the stored molecular network data. It allows to incorporate such data in analytical pipelines via a programmatic access interface, and to extend the platform&apos;s visual exploration and analytics functionality via plugin architecture. This is possible for any molecular network hosted by the MINERVA platform encoded in well-recognized systems biology formats. To showcase the possibilities of the plugin architecture, we have developed several plugins extending the MINERVA core functionalities. In the article, we demonstrate the plugins for interactive tree traversal of molecular networks, for enrichment analysis and for mapping and visualization of known disease variants or known adverse drug reactions to molecules in the network.

  • Název v anglickém jazyce

    MINERVA API and plugins: opening molecular network analysis and visualization to the community

  • Popis výsledku anglicky

    The complexity of molecular networks makes them difficult to navigate and interpret, creating a need for specialized software. MINERVA is a web platform for visualization, exploration and management of molecular networks. Here, we introduce an extension to MINERVA architecture that greatly facilitates the access and use of the stored molecular network data. It allows to incorporate such data in analytical pipelines via a programmatic access interface, and to extend the platform&apos;s visual exploration and analytics functionality via plugin architecture. This is possible for any molecular network hosted by the MINERVA platform encoded in well-recognized systems biology formats. To showcase the possibilities of the plugin architecture, we have developed several plugins extending the MINERVA core functionalities. In the article, we demonstrate the plugins for interactive tree traversal of molecular networks, for enrichment analysis and for mapping and visualization of known disease variants or known adverse drug reactions to molecules in the network.

Klasifikace

  • Druh

    J<sub>imp</sub> - Článek v periodiku v databázi Web of Science

  • CEP obor

  • OECD FORD obor

    10201 - Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)

Návaznosti výsledku

  • Projekt

  • Návaznosti

    I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace

Ostatní

  • Rok uplatnění

    2019

  • Kód důvěrnosti údajů

    S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Údaje specifické pro druh výsledku

  • Název periodika

    Bioinformatics

  • ISSN

    1367-4803

  • e-ISSN

  • Svazek periodika

    35

  • Číslo periodika v rámci svazku

    21

  • Stát vydavatele periodika

    GB - Spojené království Velké Británie a Severního Irska

  • Počet stran výsledku

    3

  • Strana od-do

    4496-4498

  • Kód UT WoS článku

    000499323900060

  • EID výsledku v databázi Scopus

    2-s2.0-85074305100