AHoJ: rapid, tailored search and retrieval of apo and holo protein structures for user-defined ligands

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216208%3A11320%2F22%3A10455491" target="_blank" >RIV/00216208:11320/22:10455491 - isvavai.cz</a>

Nalezeny alternativní kódy

RIV/00216208:11310/22:10455491

Výsledek na webu

<a href="https://verso.is.cuni.cz/pub/verso.fpl?fname=obd_publikace_handle&handle=grImfWUyVa" target="_blank" >https://verso.is.cuni.cz/pub/verso.fpl?fname=obd_publikace_handle&handle=grImfWUyVa</a>

DOI - Digital Object Identifier

<a href="http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btac701" target="_blank" >10.1093/bioinformatics/btac701</a>

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

AHoJ: rapid, tailored search and retrieval of apo and holo protein structures for user-defined ligands

Popis výsledku v původním jazyce

SummaryUnderstanding the mechanism of action of a protein or designing better ligands for it, often requires access to a bound (holo) and an unbound (apo) state of the protein. Resources for the quick and easy retrieval of such conformations are severely limited. Apo-Holo Juxtaposition (AHoJ), is a web application for retrieving apo-holo structure pairs for user-defined ligands. Given a query structure and one or more user-specified ligands, it retrieves all other structures of the same protein that feature the same binding site(s), aligns them, and examines the superimposed binding sites to determine whether each structure is apo or holo, in reference to the query. The resulting superimposed datasets of apo-holo pairs can be visualized and downloaded for further analysis. AHoJ accepts multiple input queries, allowing the creation of customized apo-holo datasets.Availability and implementationFreely available for non-commercial use at http://apoholo.cz. Source code available at https://github.com/cusbg/AHoJ-project.

Název v anglickém jazyce

AHoJ: rapid, tailored search and retrieval of apo and holo protein structures for user-defined ligands

Popis výsledku anglicky

SummaryUnderstanding the mechanism of action of a protein or designing better ligands for it, often requires access to a bound (holo) and an unbound (apo) state of the protein. Resources for the quick and easy retrieval of such conformations are severely limited. Apo-Holo Juxtaposition (AHoJ), is a web application for retrieving apo-holo structure pairs for user-defined ligands. Given a query structure and one or more user-specified ligands, it retrieves all other structures of the same protein that feature the same binding site(s), aligns them, and examines the superimposed binding sites to determine whether each structure is apo or holo, in reference to the query. The resulting superimposed datasets of apo-holo pairs can be visualized and downloaded for further analysis. AHoJ accepts multiple input queries, allowing the creation of customized apo-holo datasets.Availability and implementationFreely available for non-commercial use at http://apoholo.cz. Source code available at https://github.com/cusbg/AHoJ-project.

Druh

J_imp - Článek v periodiku v databázi Web of Science

CEP obor

—

OECD FORD obor

10201 - Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)

Projekt

<a href="/cs/project/LM2018131" target="_blank" >LM2018131: Česká národní infrastruktura pro biologická data</a><br>

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>S - Specificky vyzkum na vysokych skolach<br>I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace

Rok uplatnění

2022

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název periodika

Bioinformatics

ISSN

1367-4803

e-ISSN

1367-4811

Svazek periodika

38

Číslo periodika v rámci svazku

24

Stát vydavatele periodika

GB - Spojené království Velké Británie a Severního Irska

Počet stran výsledku

2

Strana od-do

5452-5453

Kód UT WoS článku

000879491300001

EID výsledku v databázi Scopus

2-s2.0-85144588470