Streaming k-Edit Approximate Pattern Matching via String Decomposition

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216208%3A11320%2F23%3A10476418" target="_blank" >RIV/00216208:11320/23:10476418 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

<a href="https://doi.org/10.4230/LIPIcs.ICALP.2023.22" target="_blank" >https://doi.org/10.4230/LIPIcs.ICALP.2023.22</a>

DOI - Digital Object Identifier

<a href="http://dx.doi.org/10.4230/LIPIcs.ICALP.2023.22" target="_blank" >10.4230/LIPIcs.ICALP.2023.22</a>

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

Streaming k-Edit Approximate Pattern Matching via String Decomposition

Popis výsledku v původním jazyce

In this paper we give an algorithm for streaming k-edit approximate pattern matching which uses space Oe(k2) and time Oe(k2) per arriving symbol. This improves substantially on the recent algorithm of Kociumaka, Porat and Starikovskaya [22] which uses space Oe(k5) and time Oe(k8) per arriving symbol. In the k-edit approximate pattern matching problem we get a pattern P and text T and we want to identify all substrings of the text T that are at edit distance at most k from P. In the streaming version of this problem both the pattern and the text arrive in a streaming fashion symbol by symbol and after each symbol of the text we need to report whether there is a current suffix of the text with edit distance at most k from P. We measure the total space needed by the algorithm and time needed per arriving symbol.

Název v anglickém jazyce

Streaming k-Edit Approximate Pattern Matching via String Decomposition

Popis výsledku anglicky

In this paper we give an algorithm for streaming k-edit approximate pattern matching which uses space Oe(k2) and time Oe(k2) per arriving symbol. This improves substantially on the recent algorithm of Kociumaka, Porat and Starikovskaya [22] which uses space Oe(k5) and time Oe(k8) per arriving symbol. In the k-edit approximate pattern matching problem we get a pattern P and text T and we want to identify all substrings of the text T that are at edit distance at most k from P. In the streaming version of this problem both the pattern and the text arrive in a streaming fashion symbol by symbol and after each symbol of the text we need to report whether there is a current suffix of the text with edit distance at most k from P. We measure the total space needed by the algorithm and time needed per arriving symbol.

Druh

D - Stať ve sborníku

CEP obor

—

OECD FORD obor

10201 - Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)

Projekt

<a href="/cs/project/GX19-27871X" target="_blank" >GX19-27871X: Efektivní aproximační algoritmy a obvodová složitost</a><br>

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Rok uplatnění

2023

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název statě ve sborníku

Leibniz International Proceedings in Informatics, LIPIcs

ISBN

978-3-95977-278-5

ISSN

1868-8969

e-ISSN

—

Počet stran výsledku

14

Strana od-do

—

Název nakladatele

Schloss Dagstuhl Leibniz-Zentrum für Informatik

Místo vydání

Wadern, DE

Místo konání akce

Paderborn, Germany

Datum konání akce

10. 7. 2023

Typ akce podle státní příslušnosti

WRD - Celosvětová akce

Kód UT WoS článku

—