Shluková analýza lidské starodávné mtDNA: 30 000 let pod maternální dědičností

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216208%3A11410%2F16%3A10336324" target="_blank" >RIV/00216208:11410/16:10336324 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

<a href="http://www.enbik.cz/enbik2016/" target="_blank" >http://www.enbik.cz/enbik2016/</a>

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

čeština

Název v původním jazyce

Shluková analýza lidské starodávné mtDNA: 30 000 let pod maternální dědičností

Popis výsledku v původním jazyce

Stanovení příbuznosti lidských populací a jejich fylogenetických vztahů je jedním z hlavních témat molekulární antropologie v posledních letech. Zejména rozvoj technik pro zpracování starodávné DNA (ancient DNA, aDNA) se podílí na nových možnostech výzkumu historických i prehistorických lidských populací a jejich poměrem k dnešním moderním populacím. Z hlediska bioinformatiky je v této oblasti výzkumu pravděpodobně nejpoužívanějším přístupem shluková analýza (cluster analysis) získaných dat. Materiál: V posledních třech letech byly publikovány celé mitochondriální genomy z mnoha populací, jejichž časová distribuce sahá od začátku svrchního paleolitu až po přelom letopočtu. Zde presentujeme analýzu vybraného setu populací a jedinců, kteří byli vyselektováni zejména s ohledem na vývoj zalidnění v oblasti střední Evropy a procesy, které se podílely na vývoji moderní středoevropské populace během neolitu a doby bronzové. Jedná se o populace mesolitických lovců-sběračů, raných zemědělců, zemědělské populace ze středního neolitu, pozdně neolitické populace střední a východní Evropy, a dále populace z doby bronzové a doby železné. Metody: Použili jsme různé metody a varianty hierarchického shlukování, jednak s přístupem bottom-up (agglomerative clustering), jednak s přístupem top-down (k-means). Výsledky: Jelikož obecný přístup k identifikování shluků/klastrů a tím i příbuznosti pre/historických populací je postaven na znalostech zejména jejich archeologických, případně antropologických a historických, parametrů, zaměřili jsme se naopak na agnostický (unsupervised) přístup pomocí shlukovacích algoritmů. Podařilo se nám replikovat některé známé dělení historických populací (např. založené na frekvenci mtDNA haploskupin, na způsobu obživy), a rovněž objevit některé nové vztahy mezi prehistorickými populacemi Evropy (ujasnění vztahu mezi raně neolitickými a pozdně neolitickými populacemi).

Název v anglickém jazyce

Cluster analysis of human ancient DNA: 30 000 years under the maternal inheritance

Popis výsledku anglicky

In this study, we use different approaches to cluster analysis (agglomerative clustering, k-means, SOM) to discover the inner structure of mtDNA samples dataset. This dataset consists of 201 ancient DNA samples with full mtDNA sequence and 813 samples with mitochondrial haplogroup known. The cluster analysis shows correlation with age and subsistence system of the used populations. We have also described detailed relationship between early neolithic and late neolithic populations from Central Europe.

Druh

O - Ostatní výsledky

CEP obor

BB - Aplikovaná statistika, operační výzkum

OECD FORD obor

—

Projekt

—

Návaznosti

I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace

Rok uplatnění

2016

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů