Komparativní genomika patogenních poddruhů Treponema pallidum

Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14110%2F03%3A00012308" target="_blank" >RIV/00216224:14110/03:00012308 - isvavai.cz</a>
Výsledek na webu
—
DOI - Digital Object Identifier
—

Jazyk výsledku
čeština
Název v původním jazyce
Komparativní genomika patogenních poddruhů Treponema pallidum
Popis výsledku v původním jazyce
Byly vyšetřeny kmeny Treponema pallidum subsp. pallidum (původce syfilis) a T. pallidum subsp. pertenue (původce yaws) pomocí DNA-microarray techniky a genomového sekvenování. Zjištěné rozdíly byly diskutovány v kontextu současných poznatků.
Název v anglickém jazyce
Comparative genomics of pathogenic Treponema pallidum subspecies
Popis výsledku anglicky
As a result of DNA microarray comparisons, 25 genes (13 with stronger and 6 with weaker signal in pertenue strains and 6 control genes with similar signal in both subspecies examined) were selected and sequenced. Altogether, 24083 nucleotides (2.12% of the genome) were sequenced in 3 pertenue strains and control Nichols. No region of extensive sequence heterogeneity was detected. However, 15 different single nucleotide polymorfisms (SNP) were identified: 3 SNPs in Gauthier strain, 14 in Samoan D and 15SNPs in CDC-2. Ten (out of 15) SNPs cause amino acid changes. SNPs common for all pertenue strains as well as SNPs specific for each individual strain will allow to use these nucleotide polymorfisms to design sequence specific PCR diagnostics of these strains.

Projekt
<a href="/cs/project/NI7351" target="_blank" >NI7351: Komparativní genomika patogenních spirochet rodu Treponema: cesta k sekvenčně specifické diagnostice</a><br>
Návaznosti
P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Rok uplatnění
2003
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Podobné výsledky(10)