Určení kompletní genomové sekvence kmene Treponema pallidum subspecies pertenue CDC-2

Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14110%2F07%3A00019074" target="_blank" >RIV/00216224:14110/07:00019074 - isvavai.cz</a>
Výsledek na webu
—
DOI - Digital Object Identifier
—

Jazyk výsledku
čeština
Název v původním jazyce
Určení kompletní genomové sekvence kmene Treponema pallidum subspecies pertenue CDC-2
Popis výsledku v původním jazyce
Cíl: Získání kompletní genomové sekvence Treponema pallidum ssp. pertenue CDC-2 (původce yaws) a následná komparativní genomika s genomy blízce příbuzných treponem (původci pohlavně nepřenosné yaws, venerické syfilis a spirochetózy králíků). Z celkovéhomnožství 10,24 microg amplifikované DNA, 6 microg bylo použito k pyrosekvenování. Sekvenací bylo určeno 464757 bp sestavených do 1669 kontigů. Použitím blastn analýzy bylo určeno 74 kontigů, jejichž sekvence jsou homologní k sekvencím Treponema. Získanásekvence CDC-2 kontigů byla průměrně čtena 36x a zahrnovala 98,63 % genomu T. p. pallidum Nichols (AE000520). Délka mezer mezi 74 kontigy ležela v rozmezí 1 bp a 5963 bp a spadala do 50 amplifikovatelných oblastí. Očekávané celogenomové rozdíly mezi kmeny CDC-2 a Nichols zahrnují 2100 SNP, 4 inzerce a 6 delecí. Očekávané rozdíly mezi kmeny CDC-2 a Samoa D představují 400 SNP, 1 inzerci a 1 deleci.
Název v anglickém jazyce
Complete genome sequence of Treponema pallidum subspecies pertenue CDC-2
Popis výsledku anglicky
Complete genome sequence of Treponema pallidum subspecies pertenue CDC-2 was established and analyzed.

Projekt
Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.
Návaznosti
Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)

Rok uplatnění
2007
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Popis výsledku