SigHunt: Horizontal Gene Transfer Finder Optimized for Eukaryotic Genomes
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14110%2F14%3A00076179" target="_blank" >RIV/00216224:14110/14:00076179 - isvavai.cz</a>
Nalezeny alternativní kódy
RIV/68081766:_____/14:00422473
Výsledek na webu
<a href="http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btt727" target="_blank" >http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btt727</a>
DOI - Digital Object Identifier
<a href="http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btt727" target="_blank" >10.1093/bioinformatics/btt727</a>
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
angličtina
Název v původním jazyce
SigHunt: Horizontal Gene Transfer Finder Optimized for Eukaryotic Genomes
Popis výsledku v původním jazyce
Motivation: Genomic islands (GIs) are DNA fragments incorporated into a genome through horizontal gene transfer (also called lateral gene transfer), often with functions novel for a given organism. While methods for their detection are well researched inprokaryotes, the complexity of eukaryotic genomes makes direct utilization of these methods unreliable, and so labour-intensive phylogenetic searches are used instead. Results: We present a surrogate method that investigates nucleotide base compositionof the DNA sequence in a eukaryotic genome and identifies putative GIs. We calculate a genomic signature as a vector of tetranucleotide (4-mer) frequencies using a sliding window approach. Extending the neighbourhood of the sliding window, we establish alocal kernel density estimate of the 4-mer frequency.
Název v anglickém jazyce
SigHunt: Horizontal Gene Transfer Finder Optimized for Eukaryotic Genomes
Popis výsledku anglicky
Motivation: Genomic islands (GIs) are DNA fragments incorporated into a genome through horizontal gene transfer (also called lateral gene transfer), often with functions novel for a given organism. While methods for their detection are well researched inprokaryotes, the complexity of eukaryotic genomes makes direct utilization of these methods unreliable, and so labour-intensive phylogenetic searches are used instead. Results: We present a surrogate method that investigates nucleotide base compositionof the DNA sequence in a eukaryotic genome and identifies putative GIs. We calculate a genomic signature as a vector of tetranucleotide (4-mer) frequencies using a sliding window approach. Extending the neighbourhood of the sliding window, we establish alocal kernel density estimate of the 4-mer frequency.
Klasifikace
Druh
J<sub>x</sub> - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)
CEP obor
CE - Biochemie
OECD FORD obor
—
Návaznosti výsledku
Projekt
<a href="/cs/project/GAP506%2F12%2F1064" target="_blank" >GAP506/12/1064: Adaptace netopýrů na plísňové onemocnění geomykózu</a><br>
Návaznosti
I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace
Ostatní
Rok uplatnění
2014
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Údaje specifické pro druh výsledku
Název periodika
BIOINFORMATICS
ISSN
1367-4803
e-ISSN
—
Svazek periodika
30
Číslo periodika v rámci svazku
8
Stát vydavatele periodika
GB - Spojené království Velké Británie a Severního Irska
Počet stran výsledku
6
Strana od-do
1081-1086
Kód UT WoS článku
000335001000005
EID výsledku v databázi Scopus
—