Mikrobiom jícnu, žaludku a duodena u pacientů s gastroezofageální refluxní chorobou - pilotní studie

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14110%2F19%3A00108527" target="_blank" >RIV/00216224:14110/19:00108527 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

<a href="https://biologickedny2019.cz/wp-content/uploads/2019/09/Sbornik_Biologicke_dny_Brno.pdf" target="_blank" >https://biologickedny2019.cz/wp-content/uploads/2019/09/Sbornik_Biologicke_dny_Brno.pdf</a>

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

čeština

Název v původním jazyce

Mikrobiom jícnu, žaludku a duodena u pacientů s gastroezofageální refluxní chorobou - pilotní studie

Popis výsledku v původním jazyce

Hostitelský mikrobiom může být důležitým faktorem v etiopatogenezi refluxní choroby jícnu (GERD), která významně zvyšuje riziko rozvoje ezofagitidy (RE), Barrettova jícnu (BE) a adenokarcinomu ezofagu (EAC). Cílem pilotní metagenomické studie bylo charakterizovat bakteriální biotu ve vzorcích z jícnu (normální, případně i patologické tkáně), žaludku (tělo a antrum) a dvanáctníku od pacientů s GERD a od zdravých kontrol. Z celkem 74 bioptických vzorků získaných při endoskopickém vyšetření 2 pacientů s RE, 4 s BE, 4 s EAC a 6 zdravých kontrol byla izolována nukleová kyselina použitím All Prep DNA/ RNA/miRNA Universal Kit (Qiagen). Produkty 16S rDNA PCR z oblasti V4 byly sekvenovány na platformě Illumina MiniSeq. Ve vzorcích bylo identifikováno celkem 20 kmenů, 86 řádů, 184 rodin a 295 bakteriálních rodů. Nejpočetnějšími kmeny ve všech vzorcích byly Proteobacteria 45 %, Firmicutes 39 %, Bacteroidetes 9 %, Actinobacteria 3 % a Fusobacteria 1 %. Ve vzorcích z jícnu dominovaly Streptococcus sp. a Prevotella sp. s nižším zastoupením Veillonella sp. Rozmanitost druhů lokálních společenstev (alfa diverzita) se mezi vzorky od pacientů s jednotlivými patologickými stavy/ zdravých kontrol významně nelišila (Shannonův index diverzity: 2,48 RE; 2,51 BE; 2,32 EAC a 2,52 zdravé kontroly), nicméně byla pozorována tendence snížené diverzity ve vzorcích od pacientů s EAC. Ve vzorcích z jícnu od pacientů s RE a BE byl patrný trend zvýšení gram-negativních taxonů (Fusobacterium, Campylobacter), zatímco ve skupině pacientů s EAC bylo pozorováno zvýšení taxonu Campylobacter a Lactobacillus (nemetrické multidimenzionální škálování). V návaznosti na pilotní data provedeme analýzu mikrobiomu horní části gastrointestinálního traktu za fyziologických a patologických podmínek u většího počtu pacientů s GERD. Poznání mikrobiomu a jeho případné diverzity v těchto lokalitách může přispět k časnější diagnostice a optimalizaci algoritmu sekundárně preventivních opatření při rozvoji a léčbě BE a EAC u pacientů s GERD.

Název v anglickém jazyce

Oesophageal, stomach and duodenum microbioma in patients with gastroesophageal reflux disease - a pilot study

Popis výsledku anglicky

The host microbiome may be an important factor in the etiopathogenesis of gastroesophageal reflux disease (GERD), which significantly increases the risk of developing esophagitis (RE), Barrett's esophagus (BE), and esophageal adenocarcinoma (EAC). The aim of the pilot metagenomic study was to characterize bacterial biota in samples from the esophagus (normal and possibly pathological tissue), stomach (body and antrum) and duodenum from GERD patients and from healthy controls. From a total of 74 biopsy specimens obtained in endoscopic examination of 2 patients with RE, 4 with BE, 4 with EAC and 6 healthy controls, nucleic acid was isolated using the All Prep DNA / RNA / miRNA Universal Kit (Qiagen). The 16S rDNA PCR products from the V4 region were sequenced on the Illumina MiniSeq platform. A total of 20 strains, 86 orders, 184 families and 295 bacterial genera were identified in the samples. The most numerous strains in all samples were Proteobacteria 45%, Firmicutes 39%, Bacteroidetes 9%, Actinobacteria 3% and Fusobacteria 1%. Streptococcus sp. and Prevotella sp. with a lower proportion of Veillonella sp. The diversity of local community species (alpha diversity) did not significantly differ between samples from patients with individual pathologies / healthy controls (Shannon Diversity Index: 2.48 RE; 2.51 BE; 2.32 EAC and 2.52 healthy controls), however a tendency of reduced diversity in samples from EAC patients was observed. In the esophagus samples from patients with RE and BE, there was a trend of increasing gram-negative taxa (Fusobacterium, Campylobacter), while an increase in the Campylobacter and Lactobacillus taxa (non-metric multidimensional scaling) was observed in the EAC patient group. Following the pilot data, we will analyze the microbiome of the upper gastrointestinal tract under physiological and pathological conditions in a larger number of patients with GERD. Knowledge of microbiome and its possible diversity in these localities can contribute to earlier diagnosis and optimization of the algorithm of secondary preventive measures in the development and treatment of BE and EAC in patients with GERD.

Druh

O - Ostatní výsledky

CEP obor

—

OECD FORD obor

10608 - Biochemistry and molecular biology

Projekt

<a href="/cs/project/NV17-30439A" target="_blank" >NV17-30439A: Moderní biotechnologické a behaviorální přístupy ve výzkumu zubního kazu a strategie jeho prevence</a><br>

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Rok uplatnění

2019

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů