Genome sequences of two Antarctic strains of Pseudomonas prosekii: insights into adaptation to extreme conditions
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14110%2F20%3A00113999" target="_blank" >RIV/00216224:14110/20:00113999 - isvavai.cz</a>
Nalezeny alternativní kódy
RIV/00027162:_____/19:N0000100 RIV/00027162:_____/20:N0000004
Výsledek na webu
<a href="https://link.springer.com/article/10.1007%2Fs00203-019-01755-4" target="_blank" >https://link.springer.com/article/10.1007%2Fs00203-019-01755-4</a>
DOI - Digital Object Identifier
<a href="http://dx.doi.org/10.1007/s00203-019-01755-4" target="_blank" >10.1007/s00203-019-01755-4</a>
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
angličtina
Název v původním jazyce
Genome sequences of two Antarctic strains of Pseudomonas prosekii: insights into adaptation to extreme conditions
Popis výsledku v původním jazyce
Pseudomonas prosekii is a recently described species isolated exclusively from James Ross Island close to the Antarctic Peninsula at 64 degrees south latitude. Here, we present two P. prosekii genome sequences and their analyses with respect to phylogeny, low temperature adaptation, and potential biotechnological applications. The genome of P. prosekii P2406 comprised 5,896,482 bp and 5324 genes (GC content of 59.71%); the genome of P. prosekii P2673 consisted of 6,087,670 bp and 5511 genes (GC content of 59.50%). Whole genome sequence comparisons confirmed a close relationship between both investigated strains and strain P. prosekii LMG 26867(T). Gene mining revealed the presence of genes involved in stress response, genes encoding cold shock proteins, oxidative stress proteins, osmoregulation proteins, genes for the synthesis of protection molecules, and siderophores. Comparative genome analysis of P. prosekii and P. aeruginosa PAO1 highlighted differences in genome content between extremophile species and a mesophilic opportunistic pathogen.
Název v anglickém jazyce
Genome sequences of two Antarctic strains of Pseudomonas prosekii: insights into adaptation to extreme conditions
Popis výsledku anglicky
Pseudomonas prosekii is a recently described species isolated exclusively from James Ross Island close to the Antarctic Peninsula at 64 degrees south latitude. Here, we present two P. prosekii genome sequences and their analyses with respect to phylogeny, low temperature adaptation, and potential biotechnological applications. The genome of P. prosekii P2406 comprised 5,896,482 bp and 5324 genes (GC content of 59.71%); the genome of P. prosekii P2673 consisted of 6,087,670 bp and 5511 genes (GC content of 59.50%). Whole genome sequence comparisons confirmed a close relationship between both investigated strains and strain P. prosekii LMG 26867(T). Gene mining revealed the presence of genes involved in stress response, genes encoding cold shock proteins, oxidative stress proteins, osmoregulation proteins, genes for the synthesis of protection molecules, and siderophores. Comparative genome analysis of P. prosekii and P. aeruginosa PAO1 highlighted differences in genome content between extremophile species and a mesophilic opportunistic pathogen.
Klasifikace
Druh
J<sub>imp</sub> - Článek v periodiku v databázi Web of Science
CEP obor
—
OECD FORD obor
10606 - Microbiology
Návaznosti výsledku
Projekt
Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.
Návaznosti
P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>S - Specificky vyzkum na vysokych skolach
Ostatní
Rok uplatnění
2020
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Údaje specifické pro druh výsledku
Název periodika
Archives of Microbiology
ISSN
0302-8933
e-ISSN
1432-072X
Svazek periodika
202
Číslo periodika v rámci svazku
3
Stát vydavatele periodika
US - Spojené státy americké
Počet stran výsledku
8
Strana od-do
447-454
Kód UT WoS článku
000494779700002
EID výsledku v databázi Scopus
2-s2.0-85074864575