Exploring the Structure of a DNA Hairpin with the Help of NMR Spin-spin Coupling Constants:An Experimental and Quantum Chemical Investigation

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14310%2F02%3A00006454" target="_blank" >RIV/00216224:14310/02:00006454 - isvavai.cz</a>

Nalezeny alternativní kódy

RIV/61388955:_____/02:54020092

Výsledek na webu

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

Exploring the Structure of a DNA Hairpin with the Help of NMR Spin-spin Coupling Constants:An Experimental and Quantum Chemical Investigation

Popis výsledku v původním jazyce

A 13C, 15N-labeled DNA hairpin molecule of the sequence d(GCGAAGC) = d(G1C2G3A4A5G6C7) is investigated by NMR spectroscopy to determine one-bond and two-bond NMR spin-spin coupling constants 1J(X, H) (X= C, N), 1J(C, X) (X= C, N), and 2J(X,H) (X=C,N). Measured J values for the Watson-Crick (WC) base-pairs G1C7, G6C2, the mismatched base-pair G3A5 and the unpaired base A4 were compared with calculated J values to verify sign and magnitude. For the J-calculations, coupled perturbed density functional theory in connection with the B3LYP hybrid functional and basis sets (9s5p1d/5s,1p)[6s,4p,1d/3s,1p] as well as (11s,7p,2d/6s,2p)[7s,6p,2d/4s,2p] was employed to determine diamagnetic spin-orbit, paramagnetic spin-orbit, Fermi contact, and spin-dipolar contributions to the total isotropic coupling constant J. Coupling constants 1J(C,H) and 2J(N,H) turn out to be very sensitive to the position of C and N in the pyrimidine or purine rings and, therefore, can be used for rapid structure determin

Název v anglickém jazyce

Exploring the Structure of a DNA Hairpin with the Help of NMR Spin-spin Coupling Constants:An Experimental and Quantum Chemical Investigation

Popis výsledku anglicky

A 13C, 15N-labeled DNA hairpin molecule of the sequence d(GCGAAGC) = d(G1C2G3A4A5G6C7) is investigated by NMR spectroscopy to determine one-bond and two-bond NMR spin-spin coupling constants 1J(X, H) (X= C, N), 1J(C, X) (X= C, N), and 2J(X,H) (X=C,N). Measured J values for the Watson-Crick (WC) base-pairs G1C7, G6C2, the mismatched base-pair G3A5 and the unpaired base A4 were compared with calculated J values to verify sign and magnitude. For the J-calculations, coupled perturbed density functional theory in connection with the B3LYP hybrid functional and basis sets (9s5p1d/5s,1p)[6s,4p,1d/3s,1p] as well as (11s,7p,2d/6s,2p)[7s,6p,2d/4s,2p] was employed to determine diamagnetic spin-orbit, paramagnetic spin-orbit, Fermi contact, and spin-dipolar contributions to the total isotropic coupling constant J. Coupling constants 1J(C,H) and 2J(N,H) turn out to be very sensitive to the position of C and N in the pyrimidine or purine rings and, therefore, can be used for rapid structure determin

Druh

J_x - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)

CEP obor

CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie

OECD FORD obor

—

Projekt

Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Rok uplatnění

2002

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název periodika

Journal of Physical Chemistry B

ISSN

1089-5639

e-ISSN

—

Svazek periodika

106

Číslo periodika v rámci svazku

29

Stát vydavatele periodika

US - Spojené státy americké

Počet stran výsledku

9

Strana od-do

10242

Kód UT WoS článku

—

EID výsledku v databázi Scopus

—