Detailed study of interactions between small molecules and proteins using molecular modeling
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14310%2F04%3A00009965" target="_blank" >RIV/00216224:14310/04:00009965 - isvavai.cz</a>
Výsledek na webu
—
DOI - Digital Object Identifier
—
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
čeština
Název v původním jazyce
Detailed study of interactions between small molecules and proteins using molecular modeling
Popis výsledku v původním jazyce
Detailed knowledge of interactions inside the proteins plays an important role in drug design. Experimental methods such as X-crystallography, NMR spectroscopy and neutron diffraction are typical experimental methods to analyze these interactions at atomic level [1]. These experimental methods can, in some cases, be complemented by molecular modeling methods. The molecular docking combined with flexible conformational search, molecular dynamics and quantum dynamics are the most used modeling methods atthis time. Recently, the interactions of solvent molecules with cyclin dependent kinase (CDK2) using molecular dynamics were studied in our laboratory [2]. The study was extended to molecular dynamics with mixtured solvent (water molecules mixtured withsmall organic molecules) and also to utilization of systematic molecular docking of small organic molecules into CDK2 using CICADA [3, 4] program. The results of such calculations will be used. As a mixtured solvent water + dimethylether
Název v anglickém jazyce
Detailed study of interactions between small molecules and proteins using molecular modeling
Popis výsledku anglicky
Detailed knowledge of interactions inside the proteins plays an important role in drug design. Experimental methods such as X-crystallography, NMR spectroscopy and neutron diffraction are typical experimental methods to analyze these interactions at atomic level [1]. These experimental methods can, in some cases, be complemented by molecular modeling methods. The molecular docking combined with flexible conformational search, molecular dynamics and quantum dynamics are the most used modeling methods atthis time. Recently, the interactions of solvent molecules with cyclin dependent kinase (CDK2) using molecular dynamics were studied in our laboratory [2]. The study was extended to molecular dynamics with mixtured solvent (water molecules mixtured withsmall organic molecules) and also to utilization of systematic molecular docking of small organic molecules into CDK2 using CICADA [3, 4] program. The results of such calculations will be used. As a mixtured solvent water + dimethylether
Klasifikace
Druh
D - Stať ve sborníku
CEP obor
CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie
OECD FORD obor
—
Návaznosti výsledku
Projekt
—
Návaznosti
Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)
Ostatní
Rok uplatnění
2004
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Údaje specifické pro druh výsledku
Název statě ve sborníku
Materials in Structure Chemistry, Biology, Physics and Technology
ISBN
1211 - 5894
ISSN
—
e-ISSN
—
Počet stran výsledku
1
Strana od-do
47-47
Název nakladatele
Krystalografická společnost
Místo vydání
Praha
Místo konání akce
Nové Hrady
Datum konání akce
11. 3. 2004
Typ akce podle státní příslušnosti
CST - Celostátní akce
Kód UT WoS článku
—