Non-Watson-Crick párování bazí v RNA. Kvantově-chemická analýza cis Watson-Crick/sugar edge rodiny párů bazí

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14310%2F05%3A00013729" target="_blank" >RIV/00216224:14310/05:00013729 - isvavai.cz</a>

Nalezeny alternativní kódy

RIV/68081707:_____/05:00001188

Výsledek na webu

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

Non-Watson-Crick base pairing in RNA. Quantum chemical analysis of the cis Watson-Crick/sugar edge base pair family

Popis výsledku v původním jazyce

Large RNA molecules exhibit an astonishing variability of base-pairing patterns, while many of the RNA base-pairing families have no counterparts in DNA. The cis Watson-Crick/sugar edge (cis WC/SE) RNA base pairing is investigated by ab initio quantum chemical calculations. A detailed structural and energetic characterization of all 13 crystallographically detected members of this family is provided by means of B3LYP/ 6-31G** and RIMP2/aug-cc-pVDZ calculations. Further, a prediction is made for the remaining 3 cis WC/ SE base pairs which are yet to be seen in the experiments. The interaction energy calculations point at the key role of the 2 '-OH group in stabilizing the sugar-base contact and predict all 16 cis WC/SE base-pairing patterns to be nearlyisoenergetic. The perfect correlation of the main geometrical parameters in the gas-phase optimized and X-ray structures shows that the principle of isosteric substitutions in RNA is rooted from the intrinsic structural similarity of the

Název v anglickém jazyce

Non-Watson-Crick base pairing in RNA. Quantum chemical analysis of the cis Watson-Crick/sugar edge base pair family

Popis výsledku anglicky

Large RNA molecules exhibit an astonishing variability of base-pairing patterns, while many of the RNA base-pairing families have no counterparts in DNA. The cis Watson-Crick/sugar edge (cis WC/SE) RNA base pairing is investigated by ab initio quantum chemical calculations. A detailed structural and energetic characterization of all 13 crystallographically detected members of this family is provided by means of B3LYP/ 6-31G** and RIMP2/aug-cc-pVDZ calculations. Further, a prediction is made for the remaining 3 cis WC/ SE base pairs which are yet to be seen in the experiments. The interaction energy calculations point at the key role of the 2 '-OH group in stabilizing the sugar-base contact and predict all 16 cis WC/SE base-pairing patterns to be nearlyisoenergetic. The perfect correlation of the main geometrical parameters in the gas-phase optimized and X-ray structures shows that the principle of isosteric substitutions in RNA is rooted from the intrinsic structural similarity of the

Druh

J_x - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)

CEP obor

CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie

OECD FORD obor

—

Projekt

Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Rok uplatnění

2005

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název periodika

JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY A

ISSN

1089-5639

e-ISSN

—

Svazek periodika

109

Číslo periodika v rámci svazku

10

Stát vydavatele periodika

US - Spojené státy americké

Počet stran výsledku

10

Strana od-do

2292-2301

Kód UT WoS článku

—

EID výsledku v databázi Scopus

—