Studium dynamiky bazí a cukrů v RNA smyčce GCAA pomocí NMR relaxace C-13
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14310%2F07%3A00020606" target="_blank" >RIV/00216224:14310/07:00020606 - isvavai.cz</a>
Nalezeny alternativní kódy
RIV/60077344:_____/07:00089118 RIV/60076658:12310/07:00008003
Výsledek na webu
—
DOI - Digital Object Identifier
—
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
angličtina
Název v původním jazyce
NMR 13C-relaxation Study of Base and Sugar Dynamics in GCAA RNA Hairpin Tetraloop
Popis výsledku v původním jazyce
Intramolecular dynamics of a 14-mer RNA hairpin including GCAA tetraloop was investigated by 13C NMR relaxation. R1 and R1rho relaxation rates were measured for all protonated base carbons as well as for C1' carbons of ribose sugars at several magnetic field strengths. The data has been interpreted in the framework of modelfree analysis (G. Lipari and A. Szabo, J. Am. Chem. Soc. 104, 4546-4559 (1982); G. Lipari and A. Szabo, J. Am. Chem. Soc. 104, 4559-4570 (1982)) characterizing the internal dynamics of the molecule by order parameters and correlation times for fast motions on picosecond to nanosecond time scale and by contributions of the chemical exchange. The fast dynamics reveals a rather rigid stem and a significantly more flexible loop. The cytosine and the last adenine bases in the loop as well as all the loop sugars exhibit a significant contribution of conformational equilibrium on microsecond to millisecond time scale. The high R1rho values detected on both base and sugar mo
Název v anglickém jazyce
NMR 13C-relaxation Study of Base and Sugar Dynamics in GCAA RNA Hairpin Tetraloop
Popis výsledku anglicky
Intramolecular dynamics of a 14-mer RNA hairpin including GCAA tetraloop was investigated by 13C NMR relaxation. R1 and R1rho relaxation rates were measured for all protonated base carbons as well as for C1' carbons of ribose sugars at several magnetic field strengths. The data has been interpreted in the framework of modelfree analysis (G. Lipari and A. Szabo, J. Am. Chem. Soc. 104, 4546-4559 (1982); G. Lipari and A. Szabo, J. Am. Chem. Soc. 104, 4559-4570 (1982)) characterizing the internal dynamics of the molecule by order parameters and correlation times for fast motions on picosecond to nanosecond time scale and by contributions of the chemical exchange. The fast dynamics reveals a rather rigid stem and a significantly more flexible loop. The cytosine and the last adenine bases in the loop as well as all the loop sugars exhibit a significant contribution of conformational equilibrium on microsecond to millisecond time scale. The high R1rho values detected on both base and sugar mo
Klasifikace
Druh
J<sub>x</sub> - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)
CEP obor
CE - Biochemie
OECD FORD obor
—
Návaznosti výsledku
Projekt
Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.
Návaznosti
P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)
Ostatní
Rok uplatnění
2007
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Údaje specifické pro druh výsledku
Název periodika
Journal of Biomolecular Structure and Dynamics
ISSN
0739-1102
e-ISSN
—
Svazek periodika
25
Číslo periodika v rámci svazku
3
Stát vydavatele periodika
CZ - Česká republika
Počet stran výsledku
19
Strana od-do
307-326
Kód UT WoS článku
—
EID výsledku v databázi Scopus
—