Tenzory 31P chemickeho posunu pro kanonické a nekanonické konformace nukleových kyselin. DFT výpočty a NMR implikace.

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14310%2F08%3A00026071" target="_blank" >RIV/00216224:14310/08:00026071 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

31P Chemical Shift Tensors for Canonical and Non-Canonical Nucleic Acid Conformations: DFT Calculations and NMR Implications.

Popis výsledku v původním jazyce

31P chemical shift anisotropy (CSA) tensors have been calculated for a set of selected DNA and RNA backbone conformations using density functional theory. The set includes canonical A-RNA, A-DNA, BI-DNA, BII-DNA, ZI-DNA, ZII-DNA as well as four A-RNA-type, seven non-A-RNA-type, and three non-canonical DNA conformations. Hexahydrated dimethyl phosphate has been employed as a model. The 31P chemical shift tensors obtained are discussed in terms of similarities in the behavior observed for gauche-gauche (gg) and gauche-trans (gt) conformations around the PO bonds. We show that torsion angles are major determinants of the isotropic chemical shift. The 31P CSA tensors exhibit considerable variations resulting in large spans of its components. We examine theconsequences of the CSA variations for predicting the chemical shift changes upon partial alignment and on the values of CSA order parameters extracted from the analysis of 31P NMR relaxation data.

Název v anglickém jazyce

31P Chemical Shift Tensors for Canonical and Non-Canonical Nucleic Acid Conformations: DFT Calculations and NMR Implications.

Popis výsledku anglicky

31P chemical shift anisotropy (CSA) tensors have been calculated for a set of selected DNA and RNA backbone conformations using density functional theory. The set includes canonical A-RNA, A-DNA, BI-DNA, BII-DNA, ZI-DNA, ZII-DNA as well as four A-RNA-type, seven non-A-RNA-type, and three non-canonical DNA conformations. Hexahydrated dimethyl phosphate has been employed as a model. The 31P chemical shift tensors obtained are discussed in terms of similarities in the behavior observed for gauche-gauche (gg) and gauche-trans (gt) conformations around the PO bonds. We show that torsion angles are major determinants of the isotropic chemical shift. The 31P CSA tensors exhibit considerable variations resulting in large spans of its components. We examine theconsequences of the CSA variations for predicting the chemical shift changes upon partial alignment and on the values of CSA order parameters extracted from the analysis of 31P NMR relaxation data.

Druh

J_x - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)

CEP obor

CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie

OECD FORD obor

—

Projekt

<a href="/cs/project/LC06030" target="_blank" >LC06030: Biomolekulární centrum</a><br>

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)

Rok uplatnění

2008

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název periodika

Journal of Physical Chemistry B

ISSN

1520-6106

e-ISSN

—

Svazek periodika

112

Číslo periodika v rámci svazku

11

Stát vydavatele periodika

CZ - Česká republika

Počet stran výsledku

9

Strana od-do

—

Kód UT WoS článku

000253945900027

EID výsledku v databázi Scopus

—