Vše

Co hledáte?

Vše
Projekty
Výsledky výzkumu
Subjekty

Rychlé hledání

  • Projekty podpořené TA ČR
  • Významné projekty
  • Projekty s nejvyšší státní podporou
  • Aktuálně běžící projekty

Chytré vyhledávání

  • Takto najdu konkrétní +slovo
  • Takto z výsledků -slovo zcela vynechám
  • “Takto můžu najít celou frázi”

HotSpot Wizard: a Web Server for Identification of Hot Spots in Protein Engineering.

Identifikátory výsledku

  • Kód výsledku v IS VaVaI

    <a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14310%2F09%3A00028562" target="_blank" >RIV/00216224:14310/09:00028562 - isvavai.cz</a>

  • Výsledek na webu

  • DOI - Digital Object Identifier

Alternativní jazyky

  • Jazyk výsledku

    angličtina

  • Název v původním jazyce

    HotSpot Wizard: a Web Server for Identification of Hot Spots in Protein Engineering.

  • Popis výsledku v původním jazyce

    HotSpot Wizard is a web server for automatic identification of "hot spots" for engineering of substrate specificity, activity or enantioselectivity of enzymes and for annotation of protein structures. The web server implements the protein engineering protocol, which targets evolutionarily variable amino acid positions located in the active site or lining the access tunnels. The "hot spots" for mutagenesis are selected through the integration of structural, functional and evolutionary information obtained from: (i) the databases RCSB PDB, UniProt, PDBSWS, Catalytic Site Atlas and nr NCBI and (ii) the tools CASTp, CAVER, BLAST, CD-HIT, MUSCLE and Rate4Site. The protein structure and e-mail address are the only obligatory inputs for the calculation. In the output, HotSpot Wizard lists annotated residues ordered by estimated mutability. The results of the analysis are mapped on the enzyme structure and visualized in the web browser using Jmol.

  • Název v anglickém jazyce

    HotSpot Wizard: a Web Server for Identification of Hot Spots in Protein Engineering.

  • Popis výsledku anglicky

    HotSpot Wizard is a web server for automatic identification of "hot spots" for engineering of substrate specificity, activity or enantioselectivity of enzymes and for annotation of protein structures. The web server implements the protein engineering protocol, which targets evolutionarily variable amino acid positions located in the active site or lining the access tunnels. The "hot spots" for mutagenesis are selected through the integration of structural, functional and evolutionary information obtained from: (i) the databases RCSB PDB, UniProt, PDBSWS, Catalytic Site Atlas and nr NCBI and (ii) the tools CASTp, CAVER, BLAST, CD-HIT, MUSCLE and Rate4Site. The protein structure and e-mail address are the only obligatory inputs for the calculation. In the output, HotSpot Wizard lists annotated residues ordered by estimated mutability. The results of the analysis are mapped on the enzyme structure and visualized in the web browser using Jmol.

Klasifikace

  • Druh

    J<sub>x</sub> - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)

  • CEP obor

    IN - Informatika

  • OECD FORD obor

Návaznosti výsledku

  • Projekt

    Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.

  • Návaznosti

    P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)

Ostatní

  • Rok uplatnění

    2009

  • Kód důvěrnosti údajů

    S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Údaje specifické pro druh výsledku

  • Název periodika

    NUCLEIC ACIDS RESEARCH

  • ISSN

    0305-1048

  • e-ISSN

  • Svazek periodika

    2009

  • Číslo periodika v rámci svazku

    37

  • Stát vydavatele periodika

    US - Spojené státy americké

  • Počet stran výsledku

    8

  • Strana od-do

  • Kód UT WoS článku

    000267889100066

  • EID výsledku v databázi Scopus